Protein–RNA interactions for Protein: Q07654

TFF3, Trefoil factor 3, humanhuman

Predictions only

Length 80 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TFF3Q07654 NMRK2-201ENST00000168977 1126 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 CLEC1B-201ENST00000298527 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ZNF81-201ENST00000334937 610 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 MIR770-201ENST00000390219 98 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 LINC00982-205ENST00000420957 435 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 FAM58CP-201ENST00000435741 640 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 IRF3-204ENST00000442265 315 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 STT3A-AS1-201ENST00000530526 429 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 COX14-202ENST00000548985 677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 RNF34-208ENST00000555076 593 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC020558.1-201ENST00000583662 425 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SLC9A3-AS1-205ENST00000606319 477 ntTSL 3 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SWI5-206ENST00000608796 906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NMRK2-205ENST00000616156 1139 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC093028.1-201ENST00000622998 982 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SH3BP2-202ENST00000435136 2318 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC138028.1-201ENST00000333666 2137 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 C2CD2L-201ENST00000336702 4771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 GPRC5B-201ENST00000300571 5213 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 TPSAB1-202ENST00000461509 1357 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC15.23■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 BX276092.7-203ENST00000637198 1536 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ANKRD13B-209ENST00000614878 2670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 RAVER1-207ENST00000615032 1952 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC105411.1-202ENST00000565050 1476 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SLC35F3-201ENST00000366617 2762 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 STX6-201ENST00000258301 4851 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SF1-203ENST00000377387 2947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NPEPL1-203ENST00000525817 1780 ntTSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 KMT5B-206ENST00000405515 2869 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PIK3CD-AS2-201ENST00000415330 939 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 TSEN15P1-201ENST00000423257 515 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 XXYLT1-204ENST00000429994 865 ntTSL 3 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 DHRS12-203ENST00000444610 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 FAM153C-206ENST00000507848 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AL513210.1-201ENST00000629608 234 ntBASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 LHX8-201ENST00000294638 2373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ATRIP-202ENST00000346691 2509 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 RAB7A-203ENST00000482525 1589 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 LRRC32-202ENST00000404995 2656 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PRODH-205ENST00000420436 2034 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PTTG1IP-201ENST00000330938 2760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 IRF5-210ENST00000477535 1374 ntTSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NCK1-207ENST00000481752 1971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 RAB11FIP2-201ENST00000355624 6061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.22■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PCOLCE-AS1-201ENST00000442166 2537 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 CRHR2-207ENST00000471646 2530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AC005920.1-201ENST00000501718 2054 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ZNF846-205ENST00000588267 1943 ntTSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SMG5-201ENST00000361813 4559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 B3GNT9-201ENST00000449549 2917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 CCDC120-204ENST00000597275 2752 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SNAPC3-207ENST00000610884 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 STRA6-209ENST00000563965 2565 ntTSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 KCNK9-203ENST00000520439 1441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 DDX43P3-201ENST00000441064 443 ntBASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 FBXL21-206ENST00000495672 589 ntTSL 4 BASIC15.21■□□□□ 0.03
TFF3Q07654 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC15.21■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31 ms