Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 AC099522.2-201ENST00000607001 744 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 FOXS1-201ENST00000375978 1319 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 NR4A2-203ENST00000409108 1735 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COL3A1P02461 ZNF707-202ENST00000418203 2661 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 OR2C3-203ENST00000617752 2481 ntAPPRIS P1 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 OBSL1-201ENST00000289656 2274 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ILVBL-209ENST00000534378 2067 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 EPHX1-206ENST00000614058 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC099508.1-201ENST00000499110 1666 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 KCNK7-203ENST00000394216 1563 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC025580.3-201ENST00000617932 1424 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SEC24B-AS1-203ENST00000505895 800 ntTSL 4 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SFTPC-210ENST00000524255 681 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 GMDS-AS1-205ENST00000529893 900 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 HDAC10-201ENST00000216271 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 NFE2-202ENST00000435572 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 LRRC20-203ENST00000358141 2924 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 BANP-217ENST00000479780 1551 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 NFIC-210ENST00000590282 1558 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 GOSR2-202ENST00000393456 788 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MED16-214ENST00000617672 554 ntTSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 DAGLB-202ENST00000425398 2044 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC005498.3-201ENST00000596587 2045 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SLC29A1-202ENST00000371713 2168 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 CALD1-204ENST00000417172 1915 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ASTL-201ENST00000342380 1296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 KCNIP2-208ENST00000370046 923 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 DNAJB3-201ENST00000446806 729 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SLC26A4-AS1-202ENST00000449741 586 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MOK-203ENST00000517966 1230 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 PAQR4-202ENST00000318782 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 TCIRG1-201ENST00000265686 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 C9orf66-201ENST00000382387 2918 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SCAI-202ENST00000373549 1968 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 NUTM2D-201ENST00000381697 3290 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ESR2-201ENST00000267525 1518 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 FOS-208ENST00000555686 1496 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 TMEM155-202ENST00000394394 1753 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 TUBA4B-203ENST00000490341 1380 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 LMNA-202ENST00000361308 1713 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 GDA-201ENST00000238018 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 SNAI3-AS1-202ENST00000563475 2081 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ZSCAN25-201ENST00000262941 1652 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ATP6V0D1-203ENST00000540149 1262 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 PGLYRP1-201ENST00000008938 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 EIF3C-211ENST00000566866 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ARHGEF5-202ENST00000471847 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 RNF38-204ENST00000357058 5254 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ZNF394-201ENST00000337673 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 PTGER3-208ENST00000370932 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 HS6ST2-203ENST00000406696 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 KLK3-201ENST00000326003 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 CSNK2A1-203ENST00000400217 1451 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 FAM213B-201ENST00000378424 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 ZFP1-208ENST00000568079 1426 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COL3A1P02461 MARK2-207ENST00000502399 2885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.4 ms