Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TRIM7-205ENST00000422067 1954 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PROK2-202ENST00000353065 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 C2orf68-202ENST00000409734 1722 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 POLDIP3-202ENST00000339677 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC112492.5-201ENST00000421897 457 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC017007.3-201ENST00000479865 435 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC132938.2-201ENST00000579188 680 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 ARMC7-205ENST00000584947 445 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 IFT20-214ENST00000585089 1071 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC003101.2-201ENST00000612557 442 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AL591163.1-201ENST00000641757 987 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 ERCC2-203ENST00000391944 2334 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TEAD4-202ENST00000359864 1690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PLA2G7-201ENST00000274793 1882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 C3orf18-203ENST00000426034 2486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 CCDC94-201ENST00000262962 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PLD6-201ENST00000321560 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 C14orf79-202ENST00000547315 2370 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 GPR62-201ENST00000322241 2191 ntAPPRIS P1 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 ASNA1-204ENST00000591090 1368 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 SNX11-201ENST00000359238 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 OCIAD1-204ENST00000425583 1915 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 MLST8-202ENST00000382450 1861 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 MLST8-215ENST00000564088 1861 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 FAM57B-201ENST00000279389 1481 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 H2BFWT-201ENST00000217926 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 CLCN6-207ENST00000376497 814 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 CRIP1-203ENST00000409393 677 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC009477.1-201ENST00000452936 217 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 MPZL1-209ENST00000474859 630 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 HLA-V-204ENST00000476601 1289 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PARP8-218ENST00000513738 596 ntTSL 4 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 EBF1-202ENST00000380654 2345 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 CHRNA4-207ENST00000615287 5643 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PSMA8-202ENST00000343848 1675 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 ARMC6-220ENST00000546344 1814 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 FHL2-201ENST00000322142 1462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 REEP2-201ENST00000254901 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 PAM16-201ENST00000318059 587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AL158071.2-201ENST00000423380 815 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC034102.5-201ENST00000548731 540 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 MIR4525-201ENST00000580000 75 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 KF456478.1-201ENST00000585980 472 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC090241.2-202ENST00000602333 633 ntTSL 3 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 FAM60A-203ENST00000454658 1555 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HLA-CQ95604 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 TBX20-201ENST00000408931 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SLC22A11-202ENST00000377581 1975 ntTSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC013268.5-201ENST00000454928 1959 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 LAYN-203ENST00000436913 2590 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FOXC2-201ENST00000320354 2478 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 CTSA-201ENST00000191018 1898 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC073349.1-201ENST00000340779 1062 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 C1QA-201ENST00000374642 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 MAGEC1-202ENST00000406005 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC022210.1-201ENST00000449856 793 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 MSC-AS1-206ENST00000519751 596 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC012574.2-201ENST00000520375 443 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 FAM8A2P-201ENST00000528813 1142 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 COMMD4-207ENST00000562789 746 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC007967.4-201ENST00000614700 386 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 AC244517.11-204ENST00000624424 760 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HLA-CQ95604 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 103 ms