Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 PIR-202ENST00000380421 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CCDC184-201ENST00000316554 2343 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ESYT3-201ENST00000289135 1356 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PIGX-202ENST00000392391 3057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 HBZ-201ENST00000252951 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MOS-201ENST00000311923 1041 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BET1L-202ENST00000332865 533 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 VENTXP7-201ENST00000475503 772 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SMIM4-202ENST00000476842 522 ntTSL 4 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RNASEH2C-202ENST00000527610 835 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 IGFLR1-209ENST00000592537 1195 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC011467.2-201ENST00000598425 242 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CDC73-201ENST00000367435 4969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TBXAS1-202ENST00000411653 1792 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TBL2-201ENST00000305632 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SCUBE2-202ENST00000450649 2912 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CNTNAP3-205ENST00000377659 2649 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ZNF79-204ENST00000617266 1969 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NDRG4-202ENST00000356752 1375 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TSPAN32-201ENST00000182290 1318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TSPAN32-217ENST00000612299 1301 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DIAPH2-205ENST00000373061 4983 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PPP1R3B-202ENST00000519699 2334 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MYB-205ENST00000367814 3302 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 UBL5-201ENST00000358666 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BOLA1-202ENST00000369152 859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ING5-202ENST00000406941 946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC093734.1-201ENST00000416100 242 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DANCR-204ENST00000444958 709 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC079848.1-202ENST00000507924 444 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EEF1D-243ENST00000532400 419 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ABR-204ENST00000543210 1049 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NME3-204ENST00000563498 920 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ABR-217ENST00000572441 563 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ARL16-209ENST00000573715 763 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ARL16-211ENST00000576135 694 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 GRB7-201ENST00000309156 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 KLF3-201ENST00000261438 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 LGMN-202ENST00000393218 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TNFSF13-205ENST00000396545 1593 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC39A7-202ENST00000374677 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 GNA13-201ENST00000439174 4922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MOCS1-206ENST00000425303 1920 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PDLIM2-206ENST00000409141 1463 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DFNA5-207ENST00000419307 2265 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ACY1-206ENST00000476351 1409 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 C1orf115-201ENST00000294889 3413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DAG1-201ENST00000308775 5522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL135999.2-201ENST00000622438 1686 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 REL-202ENST00000394479 2398 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 OXT-201ENST00000217386 513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PLAC8-202ENST00000411416 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 TRIM73-203ENST00000437796 1169 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 DYDC2-206ENST00000444807 1173 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC013356.2-201ENST00000559730 729 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL161669.1-201ENST00000559843 386 ntTSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL049597.2-201ENST00000565575 961 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AL807752.6-202ENST00000622933 765 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 AC116407.4-201ENST00000623319 1061 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 CENPT-208ENST00000562787 2345 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 MAP4K1-201ENST00000396857 2653 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 NSFL1C-202ENST00000353088 2611 ntTSL 2 BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 EGFEM1P-202ENST00000431685 1563 ntBASIC16.54■□□□□ 0.24
SDC1P18827 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.4 ms