Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 OCIAD1-213ENST00000508293 1423 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RPS3A-212ENST00000514682 985 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MARCH8-201ENST00000319836 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ROR1-201ENST00000371079 5832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HIC1-201ENST00000322941 3053 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC19.04■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 FIP1L1-203ENST00000358575 2180 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CYTH1-209ENST00000589296 2159 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GATA2-203ENST00000487848 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 EGFL7-203ENST00000371699 2125 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 VCX2-201ENST00000317103 815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MAPK15-202ENST00000395107 834 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC124057.1-201ENST00000433035 404 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RN7SL692P-201ENST00000464677 288 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 IGHV3-62-201ENST00000520057 340 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 VCX-203ENST00000620630 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 NUP50-AS1-201ENST00000426282 2076 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TP53BP2-202ENST00000391878 4741 ntTSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TDG-209ENST00000544861 1387 ntTSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HCCS-201ENST00000321143 2277 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 APBB1-215ENST00000608394 2128 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 APBB1-222ENST00000610474 2147 ntTSL 5 BASIC19.03■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TMEM79-203ENST00000405535 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TADA3-202ENST00000343450 2554 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 TBC1D2B-202ENST00000409931 6086 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GRB10-201ENST00000335866 5032 ntTSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 HMCES-201ENST00000383463 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 VMAC-201ENST00000339485 2254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PRRT2-216ENST00000637403 2033 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SERPINA4-201ENST00000298841 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 ENSA-206ENST00000361631 725 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 AC106772.1-201ENST00000506629 591 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 PMF1-BGLAP-204ENST00000567140 655 ntTSL 3 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 KRT16P2-202ENST00000579062 563 ntTSL 4 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 C19orf33-202ENST00000588605 520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 GUCD1-203ENST00000404664 1606 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 SLBP-202ENST00000429429 1623 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.64
COL6A1P12109 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 BORCS8-203ENST00000477565 1489 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 NPTX1-201ENST00000306773 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SELENOF-208ENST00000616787 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 APBB1-224ENST00000621678 1907 ntTSL 5 BASIC19.02■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 KANSL1-218ENST00000638275 5352 ntTSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CDK10-202ENST00000353379 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 PON1-201ENST00000222381 2568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 NKIRAS1-207ENST00000437230 1898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CCDC107-201ENST00000327351 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 OTUB2-202ENST00000553723 708 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TUBB3-203ENST00000553967 736 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 OGFOD2-212ENST00000538755 1949 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 MYH14-206ENST00000596571 5988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CAMKV-217ENST00000620470 1485 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 CRYM-AS1-201ENST00000338573 1661 ntTSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ATP1B1-202ENST00000367816 2608 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC19.01■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 TEPSIN-201ENST00000300714 2287 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 AC008073.3-201ENST00000610442 2281 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 ZDHHC18-202ENST00000374142 5020 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 HLA-F-218ENST00000376861 1544 ntAPPRIS ALT2 BASIC19■□□□□ 0.63
COL6A1P12109 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19■□□□□ 0.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.7 ms