Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ISCU-208ENST00000539593 1071 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC025259.3-201ENST00000564531 542 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC100803.2-201ENST00000562459 1963 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 BCL2-202ENST00000398117 7461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 FER1L4-210ENST00000615531 5998 ntBASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TDRD7-201ENST00000355295 3834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 IFNAR2-204ENST00000382264 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC20.2■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ZNF514-202ENST00000411425 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TOM1-210ENST00000449058 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RAB39A-201ENST00000320578 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ATP6V0C-201ENST00000330398 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC092159.3-201ENST00000439196 571 ntTSL 4 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 LBX1-AS1-203ENST00000454527 740 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 FGFR2-215ENST00000457416 3061 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SMIM24-201ENST00000215531 1329 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAT2A-202ENST00000409017 1927 ntTSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 EWSR1-202ENST00000332035 1989 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TCTEX1D1-201ENST00000282670 2001 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PYCR1-217ENST00000629768 1740 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DAGLB-204ENST00000436575 2385 ntTSL 2 BASIC20.19■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SLC25A45-208ENST00000527174 2138 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SLC22A7-201ENST00000372574 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TP73-208ENST00000378295 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DGKZ-201ENST00000318201 3213 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ANKRD24-202ENST00000318934 3906 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MYEF2-215ENST00000610570 2591 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 C9orf62-201ENST00000623103 1924 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 DARS-AS1-202ENST00000419808 772 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 IFI27L1-206ENST00000554562 571 ntTSL 3 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 NAA38-203ENST00000575071 553 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 GPR32P1-201ENST00000601788 811 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ZADH2-201ENST00000322342 7732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MEX3C-204ENST00000616921 3269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AL353692.3-201ENST00000407031 1396 ntBASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 GIT2-202ENST00000354574 5387 ntTSL 5 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ZBTB5-201ENST00000307750 4627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CACNB3-203ENST00000540990 1814 ntTSL 2 BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CARNS1-201ENST00000307823 3942 ntTSL 1 (best) BASIC20.18■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PABPC4-203ENST00000372858 2753 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PLCB2-201ENST00000260402 4616 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP44-202ENST00000340825 4211 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP44-203ENST00000379672 4228 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 HS2ST1-202ENST00000370551 1585 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 HNF1A-212ENST00000544413 2014 ntTSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 RRBP1-208ENST00000470422 2070 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAGEA6-201ENST00000329342 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 MAGEA3-201ENST00000370278 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.17■□□□□ 0.82
CCDC39Q9UFE4 SPDYE5-203ENST00000625065 1700 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.17■□□□□ 0.82
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms