Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 COL18A1-202ENST00000355480 5924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC016396.2-201ENST00000562575 1417 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 NDUFS7-201ENST00000233627 1039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC8-202ENST00000340550 1293 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 C1orf43-204ENST00000368518 1278 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RAP1B-228ENST00000542145 1060 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GSTZ1-207ENST00000553586 979 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SNHG15-203ENST00000578968 982 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RN7SL510P-201ENST00000581311 263 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PROSER2-201ENST00000277570 3333 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GGNBP2-212ENST00000613102 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 NAA50-209ENST00000497525 1385 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PAN3-AS1-201ENST00000563843 1351 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PCDHGC3-205ENST00000617641 2346 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ERLEC1-201ENST00000185150 2433 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PFN2-201ENST00000239940 2261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL356309.3-201ENST00000624132 1934 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 APH1A-202ENST00000360244 2353 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GRAMD1B-214ENST00000635736 2814 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CRB3-203ENST00000598494 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ITGA7-201ENST00000257879 4120 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 N4BP3-201ENST00000274605 6080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PTPMT1-201ENST00000326656 928 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL596442.1-201ENST00000429305 429 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SIGLEC30P-201ENST00000455569 941 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PRAP1-202ENST00000463201 587 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SMAD3-210ENST00000559092 584 ntTSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SAXO2-206ENST00000566205 340 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PPP1R1B-208ENST00000580825 1038 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL691432.3-201ENST00000621860 400 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 FBXL7-202ENST00000504595 4562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 RNF7-201ENST00000273480 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 WLS-205ENST00000370976 2332 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC116353.5-201ENST00000638148 1699 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 EPHX2-204ENST00000518379 1959 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CLDN4-201ENST00000340958 1831 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 NAGPA-201ENST00000312251 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 TMEM234-202ENST00000344461 721 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 CHCHD1-201ENST00000372833 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PDLIM4-202ENST00000379018 1006 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 LAT-205ENST00000454369 1262 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC097372.2-201ENST00000510996 732 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 KLK12-203ENST00000525263 1077 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AL512357.1-201ENST00000557687 518 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC135776.2-201ENST00000567803 714 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PAM16-208ENST00000573553 722 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 AC064853.6-201ENST00000642029 303 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 IMPAD1-201ENST00000262644 7199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
VPS54Q9P1Q0 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HFE2-201ENST00000336751 2234 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CCZ1-207ENST00000628813 2218 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CLDN15-202ENST00000401528 2131 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 NPRL2-201ENST00000232501 1700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 KCNV2-201ENST00000382082 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TBXAS1-206ENST00000425687 2080 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 FBXO41-205ENST00000521871 7336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 MCL1-201ENST00000307940 1110 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 BPHL-208ENST00000434640 1186 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 KNCN-203ENST00000481882 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 LINC00454-206ENST00000609861 841 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 CHST13-202ENST00000615522 1146 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
VPS54Q9P1Q0 AL139288.1-201ENST00000623748 933 ntBASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.3 ms