Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 BX323043.1-201ENST00000641006 1765 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 S100A14-204ENST00000368702 1218 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LCE1E-201ENST00000368770 1180 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 S100A14-206ENST00000476873 1025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MMP17-203ENST00000535004 719 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 DUSP6-204ENST00000547291 1074 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 WNT1-202ENST00000613114 1278 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC244153.1-203ENST00000622796 419 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ELL-203ENST00000596124 1852 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 DOLPP1-203ENST00000406974 2037 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CCDC17-209ENST00000528266 2181 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ENOSF1-202ENST00000340116 1658 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SUSD4-208ENST00000494793 1833 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC090164.3-201ENST00000610780 2143 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 DDX59-201ENST00000331314 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PDHX-203ENST00000448838 2653 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 PODN-203ENST00000395871 2744 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TMEM41A-201ENST00000296254 1060 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LST1-202ENST00000303757 604 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 C3orf14-202ENST00000462069 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC069335.1-201ENST00000489972 472 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TERF1P3-201ENST00000505638 1227 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FSTL3-202ENST00000588773 746 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HARBI1-201ENST00000326737 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ADCY1-202ENST00000432715 1693 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HOXA-AS3-205ENST00000524304 2063 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MIB2-203ENST00000378712 2890 ntTSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NPM2-209ENST00000521157 1484 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SPTBN4-207ENST00000595535 6105 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NFATC1-206ENST00000542384 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC007192.1-201ENST00000593731 5142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 SCARB1-201ENST00000261693 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FGFR1-238ENST00000532791 5590 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 MRPL43-201ENST00000299179 747 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 BLZF1-202ENST00000367807 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 KRT18P32-201ENST00000424695 1287 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 BASP1P1-201ENST00000430708 665 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CNN2P2-201ENST00000443536 909 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CNN2P3-201ENST00000450201 906 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FBXO4-206ENST00000509134 1284 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL512356.2-201ENST00000546955 174 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 TSFM-210ENST00000550559 897 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC090515.4-201ENST00000558042 450 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 CD7-202ENST00000578509 925 ntTSL 3 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 FOSB-211ENST00000592436 1057 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LIM2-202ENST00000596399 861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 AL136317.3-201ENST00000618497 906 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 WDR45-234ENST00000634838 1545 ntTSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
CCDC87Q9NVE4 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SCLT1-204ENST00000503215 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 SOBP-201ENST00000317357 5245 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 AC098818.2-201ENST00000564925 2320 ntBASIC21.83■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 TEX264-202ENST00000395057 1555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
CCDC87Q9NVE4 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.3 ms