Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 L1CAM-203ENST00000370055 4655 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM131-201ENST00000186436 6640 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 FBXO41-204ENST00000520530 3293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 L2HGDH-206ENST00000555610 804 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC009061.1-201ENST00000567261 475 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC092902.2-205ENST00000622381 394 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CLEC18A-202ENST00000393701 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CLEC18C-203ENST00000541793 1955 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CACNA2D2-201ENST00000266039 5476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 LARGE2-202ENST00000401752 2516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 GAL3ST1-201ENST00000338911 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 DIDO1-203ENST00000370366 2383 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 KCNQ2-213ENST00000626839 9213 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 GATA2-202ENST00000430265 2525 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
CHMP4AQ9BY43 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 DNM1-206ENST00000475805 2710 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SPNS3-201ENST00000355530 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PTCHD3P3-201ENST00000403073 906 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZFAND2B-207ENST00000409412 569 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC034105.1-201ENST00000563488 319 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SELENOM-210ENST00000611680 689 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SBDS-205ENST00000617799 953 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 DDX19B-207ENST00000563206 1765 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SCARB2-201ENST00000264896 4792 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 HMGXB3-206ENST00000613459 5567 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZNF589-203ENST00000427617 1677 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC20-202ENST00000382466 5338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PHF12-201ENST00000268756 2957 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SBNO2-204ENST00000587024 4861 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 CXXC1P1-201ENST00000483225 1897 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TESMIN-201ENST00000255087 2579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 JAKMIP1-202ENST00000409021 2975 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LINC02415-201ENST00000508505 1315 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ST3GAL3-201ENST00000262915 2470 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 APCDD1-201ENST00000355285 3809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 SLC25A1P1-201ENST00000528351 927 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AP005019.1-201ENST00000545254 664 ntTSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 HOTAIR-201ENST00000424518 2421 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 DDX17-211ENST00000640332 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 DDX17-212ENST00000640668 2196 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PGP-201ENST00000333503 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 LGMN-216ENST00000557434 1797 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ISPD-201ENST00000399310 1709 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 EHMT1-236ENST00000637161 5049 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 RESP18-201ENST00000333527 795 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 HUS1B-201ENST00000380907 1025 ntAPPRIS P1 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 MRPL20P1-201ENST00000400819 433 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC009567.1-201ENST00000515071 525 ntTSL 4 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 ABO-202ENST00000538324 1147 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 AC116612.1-201ENST00000557144 562 ntTSL 3 BASIC22.11■■□□□ 1.13
CHMP4AQ9BY43 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.1 ms