Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 NT5C3A-204ENST00000405342 1759 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 NAPA-AS1-201ENST00000593284 1753 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 MCU-202ENST00000373053 2949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ENOPH1-201ENST00000273920 2025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 GCDH-216ENST00000591470 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SALRNA1-201ENST00000555871 2086 ntTSL 4 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 PRDX5-202ENST00000347941 463 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CALY-202ENST00000368555 783 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 NDUFB8-202ENST00000370320 684 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CD81-202ENST00000381036 880 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LINC01160-202ENST00000450155 894 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ADAMTS10-205ENST00000595838 2458 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 COL13A1-201ENST00000354547 3027 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RABL2A-204ENST00000393167 2179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 JMJD4-202ENST00000438896 2502 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 MYC-207ENST00000621592 2366 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 NFKBIA-201ENST00000216797 1558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 PRDM14-201ENST00000276594 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 KLHL33-202ENST00000636854 2394 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 WDR45-208ENST00000396681 1146 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 HILS1-201ENST00000504307 1219 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 COQ4-205ENST00000609948 956 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 THNSL2-202ENST00000343544 2052 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SPAG16-204ENST00000413312 2258 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 FOXP1-214ENST00000493089 2703 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 KLHDC3-201ENST00000244670 1903 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RAI14-201ENST00000265109 5092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 WASH6P-202ENST00000359512 1437 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LINC01116-202ENST00000339037 838 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TCEAL3-203ENST00000372628 1221 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LINC00659-201ENST00000412500 540 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AP000842.3-202ENST00000569238 1080 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 UBE2E3-205ENST00000602475 602 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 IL17RE-206ENST00000454190 2757 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 WDR53-201ENST00000332629 1679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 PPP2R2C-206ENST00000507294 1667 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 IFRD2-204ENST00000436390 2275 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AL020996.1-203ENST00000536896 2307 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 NAT6-205ENST00000443842 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LIM2-201ENST00000221973 983 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ALKBH4-201ENST00000292566 2105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TMEM44-201ENST00000330115 1278 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 DICER1-AS1-202ENST00000439819 810 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SMCO4-204ENST00000527149 472 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC133550.1-201ENST00000563565 295 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC138474.1-201ENST00000586630 523 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 PGPEP1-209ENST00000604499 769 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AK3-202ENST00000381809 2736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CRTC1-203ENST00000594658 2384 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 FAM206A-201ENST00000322940 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LINC02167-203ENST00000566900 1489 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 SYTL1-208ENST00000543823 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ALDH5A1-201ENST00000348925 2266 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ST3GAL4-217ENST00000534083 1919 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 TM4SF19-204ENST00000454715 1061 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CCDC25-209ENST00000522915 785 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 IGFLR1-205ENST00000588992 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC020934.3-201ENST00000639810 348 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LGI3-202ENST00000424267 3114 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 LINC00668-205ENST00000581571 1748 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 NMRAL1-201ENST00000283429 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 CLEC17A-202ENST00000417570 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
NPHP3Q7Z494 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms