Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 NSMAF-202ENST00000427130 3371 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TPD52L1-202ENST00000368388 2147 ntTSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PML-211ENST00000564428 1985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TRAPPC12-201ENST00000324266 2508 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 UMOD-201ENST00000302509 2477 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SYCE1-203ENST00000368517 1377 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ZNF302-214ENST00000613363 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 COPS7B-207ENST00000410024 1103 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 KRT18P2-201ENST00000447938 1258 ntBASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC108073.2-201ENST00000464002 357 ntBASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 DDIT4-AS1-201ENST00000491934 847 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SUMO2P17-202ENST00000508743 738 ntTSL 3 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AL137786.1-202ENST00000555496 789 ntTSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC008992.1-201ENST00000591132 446 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TTC29-201ENST00000325106 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TTC29-205ENST00000504425 1777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CIZ1-226ENST00000629610 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AP000997.3-201ENST00000623333 2250 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CYBA-210ENST00000569359 1415 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CHRNB2-201ENST00000368476 5867 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ZNF419-204ENST00000415379 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 MTDH-203ENST00000519934 2184 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TJP1-201ENST00000346128 7950 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 NAA60-201ENST00000360862 2522 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ZCWPW1-201ENST00000360951 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 DICER1-AS1-204ENST00000554631 1709 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 RNF167-205ENST00000571816 1728 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PLCB1-201ENST00000338037 7092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 NPNT-203ENST00000427316 2481 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CGREF1-201ENST00000260595 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ITM2B-201ENST00000378549 805 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 NFKBIB-202ENST00000392079 991 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 COA5-202ENST00000409997 557 ntTSL 4 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SNHG11-205ENST00000421599 1046 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TSTD1-204ENST00000423014 593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 IDH3B-206ENST00000474315 1279 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PLA2G12A-202ENST00000502283 1189 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC027117.2-201ENST00000522768 510 ntTSL 3 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TWSG1-202ENST00000581641 1119 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AP001160.2-201ENST00000596071 487 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 Z94160.2-201ENST00000609322 910 ntTSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC134684.3-201ENST00000641758 218 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 MIS18BP1-212ENST00000627697 1950 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PIEZO1-201ENST00000301015 8072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TBC1D19-201ENST00000264866 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 INPP5J-204ENST00000402238 1564 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 IL18BP-214ENST00000620017 1566 ntTSL 5 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC008969.1-203ENST00000313957 1897 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 F11R-202ENST00000368026 4835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC142086.1-202ENST00000398669 1839 ntTSL 2 BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SYT3-206ENST00000600079 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 EFTUD1P1-204ENST00000560401 1798 ntBASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 BAIAP2-204ENST00000428708 2095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.99□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ASIC3-201ENST00000297512 1718 ntTSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 KIAA1147-202ENST00000536163 7296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 FAM83A-202ENST00000518448 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TMSB4Y-201ENST00000284856 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 KCTD20-202ENST00000373731 5619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 BRD2-201ENST00000374825 4894 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 ASIC3-202ENST00000349064 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PLCXD1-202ENST00000381663 1863 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 FAM208A-209ENST00000493960 5600 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TRH-202ENST00000507066 1580 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 GPRC5C-201ENST00000342648 1273 ntTSL 5 BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 PARK7-203ENST00000377491 977 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 RFXANK-203ENST00000407360 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.98□□□□□ -0.17
HOXA3O43365 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC13.98□□□□□ -0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms