Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TRIM17-201ENST00000295033 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 C20orf196-201ENST00000303142 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GGT1-205ENST00000403838 1033 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC093901.1-201ENST00000414886 778 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CNP-204ENST00000472031 1019 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LINC01582-202ENST00000561215 452 ntTSL 4 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ICAM3-205ENST00000589261 2024 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ELAVL1-202ENST00000593807 856 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC083849.1-201ENST00000615227 514 ntBASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLC22A1-201ENST00000324965 1521 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PLTP-202ENST00000372420 1530 ntTSL 2 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 EMX1-202ENST00000394111 1528 ntTSL 3 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AKR1A1-214ENST00000621846 1360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PCDHA6-202ENST00000527624 2231 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ADAMTS13-206ENST00000371929 4934 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SPAG6-203ENST00000376624 2605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.51■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLC22A3-201ENST00000275300 3348 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LMBR1-202ENST00000359422 4727 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC097374.2-201ENST00000618617 1306 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SLC9A6-203ENST00000370701 4755 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LCE3D-201ENST00000368787 613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ZNF706-204ENST00000518336 501 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC079031.1-201ENST00000542627 1035 ntTSL 3 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PPOX-219ENST00000544598 813 ntTSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LMNB2-201ENST00000325327 4671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ANHX-201ENST00000419717 1765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CNTLN-202ENST00000380647 5576 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SYNGR2-206ENST00000589711 2041 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SNAPC4-201ENST00000298532 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 LZTS3-203ENST00000360342 4055 ntTSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ITGB7-202ENST00000422257 2791 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PMS1-206ENST00000418224 3018 ntTSL 5 BASIC17.5■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AKIRIN1-202ENST00000432648 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AMT-250ENST00000637682 1823 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 C1orf56-201ENST00000368926 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AL138752.2-201ENST00000540557 2591 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ASTN2-205ENST00000361209 4622 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 POC1A-203ENST00000474012 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 THEM4-201ENST00000368814 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MRPS34-201ENST00000177742 1040 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ABCD1-202ENST00000370129 1016 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RNF121-203ENST00000393713 2132 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HOXD12-201ENST00000404162 841 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GUSBP12-201ENST00000513727 720 ntBASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DCTN5-208ENST00000568589 772 ntTSL 2 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ZNF524-203ENST00000591046 1260 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GFI1B-208ENST00000636263 1604 ntTSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CRELD1-201ENST00000326434 1994 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HASPIN-201ENST00000325418 2797 ntAPPRIS P1 BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 YAP1-208ENST00000531439 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HIP1R-201ENST00000253083 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HSF2-202ENST00000452194 2643 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC060834.1-201ENST00000443027 2032 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 ANKMY1-202ENST00000361678 2499 ntTSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SH3RF1-201ENST00000284637 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 PTPN18-201ENST00000175756 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 HNRNPU-205ENST00000444376 6827 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 MRPL4-203ENST00000393733 1620 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 RAI1-207ENST00000640861 5172 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 DCLK2-204ENST00000506325 2298 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 SULT2B1-201ENST00000201586 1295 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 NUDT6-201ENST00000304430 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 TNFRSF10C-202ENST00000397703 1242 ntTSL 2 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC104076.2-201ENST00000448912 469 ntBASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC127526.4-201ENST00000527970 983 ntTSL 3 BASIC17.48■□□□□ 0.39
VPS39Q96JC1 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC17.48■□□□□ 0.39
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 56.2 ms