Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 HOXB1-201ENST00000239174 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 KLHL21-202ENST00000377663 6445 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 NRXN1-209ENST00000405581 5078 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 LRP4-201ENST00000378623 8076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 BAZ1B-201ENST00000339594 6102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 UBFD1-201ENST00000395878 5110 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PIP5K1C-205ENST00000589578 2933 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 DBNDD2-202ENST00000360981 1078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 EDN3-203ENST00000371025 1153 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MOGAT1-201ENST00000446656 1048 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL157871.1-202ENST00000556458 478 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 METRN-205ENST00000568415 612 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL591684.3-201ENST00000605187 298 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CEACAM3-208ENST00000630848 1110 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CARNS1-202ENST00000445895 3971 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MAPT-205ENST00000351559 5811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 RAI1-201ENST00000353383 7662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 C8orf33-201ENST00000331434 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ERVK13-1-203ENST00000564340 1449 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CACNG7-201ENST00000222212 1016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 KCNMB3-202ENST00000349697 1228 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AL096828.1-201ENST00000423020 542 ntTSL 4 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 COX5A-204ENST00000567270 579 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC008735.1-201ENST00000592252 802 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC012313.10-201ENST00000623509 926 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 C1orf43-210ENST00000640799 1287 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MDFIC-201ENST00000257724 4598 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PHKA1-201ENST00000339490 6121 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
HDAC4P56524 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC18.21■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 PROSER1-201ENST00000352251 5168 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 LENG8-202ENST00000376514 5146 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 SKOR1-202ENST00000380035 3675 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 FTMT-201ENST00000321339 879 ntAPPRIS P1 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 ID2-202ENST00000331129 623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 SEC61G-203ENST00000415949 732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
HDAC4P56524 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 38 ms