Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 EEF1AKMT3-204ENST00000551420 836 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ANAPC11-213ENST00000577747 672 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC108010.1-201ENST00000605862 1107 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 KRT28-201ENST00000306658 1685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GCGR-202ENST00000570996 1872 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TUBB3P1-201ENST00000405796 1332 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 IGLL5-203ENST00000532223 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 OSR2-209ENST00000522510 1528 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RAX-202ENST00000334889 3197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 REEP2-206ENST00000506158 1021 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 INS-205ENST00000512523 297 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SFTPC-204ENST00000520605 519 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GATD1-206ENST00000526325 756 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC123777.1-201ENST00000534827 1247 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MIR3909-201ENST00000579518 119 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MIR4515-201ENST00000584082 81 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AP000974.1-201ENST00000623909 2387 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ZNF74-203ENST00000403682 2789 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 TNXA-203ENST00000507684 2038 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 WWTR1-204ENST00000467467 1603 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MFGE8-202ENST00000268151 1752 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 C2CD2L-205ENST00000528586 2320 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SYCE1-202ENST00000343131 1113 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 NDUFAF3-203ENST00000395458 808 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AC005237.2-201ENST00000434368 219 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 ZNF655-216ENST00000449244 544 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 PTPRVP-202ENST00000490575 953 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 GCHFR-204ENST00000559445 626 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 MIR6080-201ENST00000617359 66 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
SHANK3Q9BYB0 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 TMEM143-202ENST00000377431 1960 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PRR15-201ENST00000319694 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LINC01657-201ENST00000457217 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SSB-201ENST00000260956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 KRT79-201ENST00000330553 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 DISC1-215ENST00000602281 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 COX6A1-201ENST00000229379 572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 MRPL9-202ENST00000368830 1296 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 VMA21-202ENST00000370361 693 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 FYCO1-203ENST00000438446 1072 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC026150.2-201ENST00000564693 1156 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 RSRP1-201ENST00000243189 1502 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SLC22A20-204ENST00000530038 1673 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 KLHL40-201ENST00000287777 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SARDH-202ENST00000371867 1326 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LMX1B-204ENST00000561065 1300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PRRT2-205ENST00000567659 1470 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NAB2-201ENST00000300131 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 FCGRT-201ENST00000221466 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SSUH2-202ENST00000341795 1799 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 NDUFA4L2-202ENST00000554503 1177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AC005412.3-201ENST00000580309 715 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 SSH2-211ENST00000590153 570 ntTSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AL031055.1-201ENST00000606362 631 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ATRIP-201ENST00000320211 2590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PTGER3-201ENST00000306666 2333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ZNF517-201ENST00000359971 2335 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 ARHGAP11A-208ENST00000567348 2422 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 FANCA-203ENST00000389302 1641 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 PYCR2-201ENST00000343818 1689 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 POP7-201ENST00000303151 927 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 RNU1-129P-201ENST00000384064 167 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
SHANK3Q9BYB0 GAPDHP21-201ENST00000450301 1010 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms