Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TMEM216-203ENST00000515837 1958 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ASPHD2-201ENST00000215906 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC117500.2-201ENST00000508145 1561 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 EGR3-204ENST00000522910 1553 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GTF2IP1-210ENST00000622829 3605 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF324-203ENST00000536459 5653 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SULT1A1-204ENST00000395609 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CRELD1-206ENST00000452070 1778 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FBXL15-201ENST00000224862 2362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SHKBP1-201ENST00000291842 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RAB4A-201ENST00000366690 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RPS6KA1-204ENST00000374168 3186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RBM24-202ENST00000379052 2703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 BRCC3-202ENST00000340647 1101 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PMP22-202ENST00000395936 816 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AGTRAP-205ENST00000400895 786 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-204ENST00000420006 720 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SNHG11-206ENST00000432153 1181 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC012363.1-201ENST00000455707 575 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC108751.1-201ENST00000490852 363 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC067930.3-201ENST00000524808 701 ntTSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AP000442.1-201ENST00000533552 769 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LINC00094-205ENST00000603928 5722 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CLDN15-208ENST00000611078 1509 ntTSL 5 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CNTNAP3-201ENST00000297668 5064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MED29-202ENST00000594368 1471 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TLX2-204ENST00000621092 1452 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF274-203ENST00000424679 2539 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HCN1-201ENST00000303230 9885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TRAF3IP1-201ENST00000373327 4279 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RNF146-201ENST00000309649 2624 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TPRA1-204ENST00000450633 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LTBP2-205ENST00000556690 5614 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC138969.1-205ENST00000381497 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FCGRT-202ENST00000426395 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PHKA1-205ENST00000541944 5944 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RAB11FIP5-205ENST00000486777 6120 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CXXC1-202ENST00000412036 2280 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF295-AS1-202ENST00000429739 783 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LINC01705-201ENST00000438158 562 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL121672.1-201ENST00000439423 1181 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FIS1-203ENST00000442303 631 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL049569.1-201ENST00000446261 636 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC112482.1-201ENST00000492080 688 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DHDH-204ENST00000523250 634 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC135050.2-203ENST00000529564 725 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC002347.1-201ENST00000569543 541 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-205ENST00000578379 1064 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ICAM2-206ENST00000578892 1056 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 COPE-211ENST00000600932 1144 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC064836.3-201ENST00000607928 673 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CR381653.1-203ENST00000625153 577 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZNF354C-201ENST00000315475 5411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PRRT2-219ENST00000637565 1733 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RNFT2-202ENST00000319176 2180 ntTSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SLC2A8-202ENST00000373360 1937 ntTSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CAPN5-205ENST00000529629 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MARVELD3-202ENST00000299952 2214 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ATG3-201ENST00000283290 1570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PROK1-201ENST00000271331 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HMGCLL1-202ENST00000308161 1314 ntTSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PEX13-204ENST00000444100 1533 ntTSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 DNLZ-202ENST00000371739 2934 ntTSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GCH1-207ENST00000622544 2923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL353593.2-201ENST00000602529 1483 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MOSPD3-201ENST00000223054 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.02■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 57.1 ms