Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 C6orf223-203ENST00000442114 3109 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FGFR4-203ENST00000393648 2733 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ZBTB9-201ENST00000395064 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LHX3-203ENST00000619587 2698 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ACSF3-202ENST00000378345 1541 ntTSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TPSD1-201ENST00000211076 1499 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LRRC29-201ENST00000393992 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NDUFV1-223ENST00000532303 1493 ntTSL 2 BASIC15.27■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AP001094.4-201ENST00000579008 2176 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AMN1-201ENST00000281471 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 BANP-227ENST00000626016 2144 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 OPA1-201ENST00000361150 6330 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ZNF48-206ENST00000622647 2695 ntTSL 4 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PTPRA-205ENST00000399903 3337 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 OLIG2-201ENST00000333337 3262 ntAPPRIS P1 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PLAUR-201ENST00000221264 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PTGES2-201ENST00000277462 1614 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 P2RY6-209ENST00000540342 1611 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 COG5-203ENST00000393603 5418 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 INPP5F-203ENST00000369081 874 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC007731.5-201ENST00000429594 644 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC020558.2-201ENST00000582325 795 ntTSL 3 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SH3BP5-203ENST00000408919 1880 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DMPK-201ENST00000291270 2787 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NPRL3-201ENST00000399953 2784 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 UBXN6-202ENST00000394765 1809 ntTSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AGAP6-201ENST00000374056 2703 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 KLHL22-201ENST00000328879 2616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CCDC144A-210ENST00000456009 2306 ntTSL 5 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC073508.3-201ENST00000619697 1419 ntBASIC15.26■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 COL5A1-201ENST00000371817 8471 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PRR18-201ENST00000322583 3084 ntAPPRIS P2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MBD4-202ENST00000393278 1684 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ELFN2-207ENST00000613079 8360 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TLE2-219ENST00000591529 2483 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NCOA6-207ENST00000616167 3271 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MFSD11-207ENST00000586622 2952 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 HADHB-208ENST00000537713 2142 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CYP2W1-202ENST00000340150 2361 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DKK3-201ENST00000326932 2636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ETV7-207ENST00000620358 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DAB2IP-201ENST00000259371 5469 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 COPE-201ENST00000262812 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 COPE-203ENST00000351079 907 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TBPL1-203ENST00000367871 808 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC103564.1-201ENST00000437330 562 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 DGUOK-AS1-203ENST00000453103 601 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 RBM14-RBM4-203ENST00000500635 829 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 IFI27L2-206ENST00000556727 556 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 CLDN7-204ENST00000571881 735 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AL390719.2-201ENST00000606993 987 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 MBOAT1-201ENST00000324607 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 LEXM-201ENST00000358193 1777 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PAX7-201ENST00000375375 2260 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 IFRD1-202ENST00000403825 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 ECE2-205ENST00000404464 3229 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 PEX16-201ENST00000241041 1479 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 FOSB-209ENST00000590335 2170 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 SLC35G6-201ENST00000412468 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TAPBP-238ENST00000475304 1686 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 NEK10-202ENST00000341435 2638 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 EPHX4-201ENST00000370383 1437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 VGLL4-210ENST00000426568 1428 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CCDC54Q8NEL0 TMEM106C-203ENST00000449758 1414 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.1 ms