Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CASC2-205ENST00000454781 2216 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 COLEC11-206ENST00000403096 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ARSI-201ENST00000328668 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SLC38A10-201ENST00000288439 2708 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 XXYLT1-201ENST00000310380 2727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SPERT-202ENST00000378966 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.87■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MTHFD2L-203ENST00000395759 2354 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 BMP2K-208ENST00000628286 3848 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DUOXA1-201ENST00000267803 1996 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SLC9A6-201ENST00000370695 4725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 FABP5-202ENST00000396359 986 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 POM121L12-201ENST00000408890 1283 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC131097.3-201ENST00000413820 1228 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 COX10-202ENST00000429152 875 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AL365226.1-201ENST00000448363 349 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MTUS2-205ENST00000542829 1165 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 UBE2Q2P1-205ENST00000559871 534 ntTSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC008687.7-201ENST00000593309 920 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TSPY4-205ENST00000640033 663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MSLNL-201ENST00000442466 2109 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 IAH1-202ENST00000470914 2137 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HLA-A-203ENST00000376809 1611 ntAPPRIS P1 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SEL1L-204ENST00000555824 1631 ntTSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CHRAC1-201ENST00000220913 2488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SIL1-202ENST00000394817 1923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CD19-202ENST00000538922 1957 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.86■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 LLGL2-203ENST00000392550 3509 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HNRNPA3-201ENST00000392524 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NUDT19-201ENST00000397061 2967 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NOMO3-201ENST00000263012 3911 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CSK-210ENST00000567571 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 LINC00896-202ENST00000609602 2128 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CCDC27-201ENST00000294600 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 DNAAF4-202ENST00000348518 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 GATB-213ENST00000515812 1893 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 FAM99B-201ENST00000382166 1067 ntTSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SPCS2-207ENST00000530257 612 ntTSL 3 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SART3-203ENST00000546611 1184 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PNMT-203ENST00000581428 677 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ADCK5-201ENST00000308860 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 KIF25-203ENST00000443060 1613 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ABCF3-203ENST00000429586 2624 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 QPCTL-201ENST00000012049 2310 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 GOLGA2P9-203ENST00000600260 2033 ntTSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C17orf113-201ENST00000587304 3746 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AC002310.2-202ENST00000492040 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SREBF2-201ENST00000361204 5240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 THOP1-205ENST00000586677 1872 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 C3orf18-201ENST00000357203 2655 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 CSK-202ENST00000439220 1900 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PKMYT1-203ENST00000431515 2308 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PDE1C-206ENST00000396193 5109 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PDXK-219ENST00000621478 1967 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 EIF2AK3-201ENST00000303236 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 RFXANK-202ENST00000392324 1059 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 SMIM11A-202ENST00000399295 1074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 BX842568.4-201ENST00000421222 227 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 ANKRD13D-218ENST00000515828 1111 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
HOXD4P09016 BLOC1S6-214ENST00000567461 1052 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.6 ms