Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 AC135050.7-201ENST00000624508 2218 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GRIN3B-201ENST00000234389 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RPL13P5-203ENST00000421824 845 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LAGE3P1-201ENST00000425356 484 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PRDM12-201ENST00000253008 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CMPK2-201ENST00000256722 2884 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RNF121-201ENST00000361756 2625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 KCNH2-203ENST00000430723 2648 ntTSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PDE4A-202ENST00000344979 2579 ntTSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ADAM23-201ENST00000264377 6330 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.87■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 DAPK1-207ENST00000469640 5899 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ACSS2-201ENST00000253382 2925 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TMEM110-201ENST00000355083 4769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CYP2D6-203ENST00000360608 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HLA-DQB1-201ENST00000374943 1656 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC090206.1-201ENST00000615734 1678 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AFG3L1P-203ENST00000418696 2965 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GPN3-202ENST00000537466 1491 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 C9orf43-202ENST00000374165 2049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 FOXD4L6-201ENST00000622588 2034 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 OLFM1-201ENST00000252854 2591 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 MIR574-201ENST00000385209 96 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 IGHV3-15-201ENST00000390603 437 ntAPPRIS P1 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL359915.2-201ENST00000425884 745 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC016999.1-201ENST00000447880 452 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NDUFB2-208ENST00000471136 499 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CALM1-205ENST00000553542 877 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NUBP2-214ENST00000568706 913 ntTSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CYGB-205ENST00000590175 830 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 FAM71E1-202ENST00000595790 1225 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL022328.2-201ENST00000608016 640 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AL390961.4-201ENST00000623958 2535 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SYBU-201ENST00000276646 2870 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AZIN2-203ENST00000373441 1443 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC104109.2-201ENST00000602919 1418 ntBASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ACTB-201ENST00000331789 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SDC2-202ENST00000518385 1583 ntTSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ELP5-214ENST00000574993 2209 ntTSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TCTN1-204ENST00000397659 1885 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BANP-223ENST00000538234 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF28-212ENST00000513042 6273 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BMPER-201ENST00000297161 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 LCORL-203ENST00000382226 5009 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PJA1-202ENST00000374571 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ZNF205-206ENST00000620094 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 PPT2-247ENST00000375143 1754 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ALDH3A1-206ENST00000457500 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 POLR1D-220ENST00000637071 1943 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GOSR2-201ENST00000225567 1245 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 HCG15-203ENST00000438190 1032 ntTSL 3 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SEC23A-206ENST00000553970 574 ntTSL 4 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC106730.1-201ENST00000566722 1090 ntBASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NAA60-217ENST00000572942 1089 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 NXNL2-205ENST00000618633 739 ntTSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 ANAPC11-211ENST00000575195 1361 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 SEPT2-208ENST00000407971 3267 ntTSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
CHMP3Q9Y3E7 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.84■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29 ms