Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 NOMO1-208ENST00000620755 3921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SQOR-208ENST00000568606 1792 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 OPRD1-201ENST00000234961 9345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ROBO3-221ENST00000543966 1520 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PAPD5-203ENST00000561678 2916 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 C6orf48-204ENST00000375639 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DDRGK1-202ENST00000380201 1128 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CAMTA1-IT1-201ENST00000427317 365 ntTSL 3 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC140504.1-202ENST00000568222 652 ntTSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC011840.4-201ENST00000578471 627 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 IGHV3-41-201ENST00000613121 348 ntBASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC20.6■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SELENBP1-201ENST00000368868 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PCDH7-206ENST00000543491 4457 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 KLK6-202ENST00000376851 1708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 FAM109A-204ENST00000548163 2317 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 RABL6-203ENST00000371663 3078 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CSF1-204ENST00000369802 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ADCYAP1R1-203ENST00000409363 1889 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TCEAL3-201ENST00000243286 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 GGT1-208ENST00000404920 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CRELD2-204ENST00000407217 1230 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01770-202ENST00000430109 510 ntTSL 3 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 GGTLC2-203ENST00000480559 657 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 KRT8P26-201ENST00000534154 1276 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CD320-202ENST00000537716 1119 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC004130.1-202ENST00000603156 666 ntTSL 2 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SPTBN4-202ENST00000352632 8676 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC124067.4-201ENST00000519691 2379 ntBASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ANTXRL-206ENST00000622632 1964 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PDX1-201ENST00000381033 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 GJB3-201ENST00000373362 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.59■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR2-208ENST00000612039 1549 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PYCR2-209ENST00000612651 1538 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G3-214ENST00000634879 5325 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF4-206ENST00000428230 2172 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 PFN1-201ENST00000225655 1291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CD1E-210ENST00000368165 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 AC004540.1-201ENST00000439120 891 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 CD1E-214ENST00000452291 745 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LCN10-205ENST00000497771 723 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 LAT-211ENST00000566177 786 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 TCP11L2-203ENST00000547153 1788 ntTSL 2 BASIC20.58■□□□□ 0.89
LIMCH1Q9UPQ0 EWSR1-222ENST00000629659 2446 ntTSL 5 BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC20.58■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 THAP8-201ENST00000292894 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 WDR88-202ENST00000361680 1835 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 HMOX2-217ENST00000619528 1829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AP1S2-201ENST00000329235 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 HEBP2-201ENST00000367697 844 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 BEX3-204ENST00000372645 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC136604.3-201ENST00000508188 429 ntTSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOV-205ENST00000518644 625 ntTSL 4 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 TLE3-205ENST00000539550 2464 ntTSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 CALM2-209ENST00000628793 1103 ntTSL 5 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 CDKN1A-204ENST00000448526 2104 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 UBE3D-203ENST00000369747 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
LIMCH1Q9UPQ0 AC092053.1-201ENST00000605787 1936 ntBASIC20.57■□□□□ 0.88
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44 ms