Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 SEPT8-208ENST00000378721 1723 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PRR5-201ENST00000006251 1767 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 MBL1P-201ENST00000480805 1424 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PPP1CC-201ENST00000335007 2559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CD14-201ENST00000302014 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GPBAR1-201ENST00000479077 1869 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CDK13-202ENST00000340829 5066 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SEPT8-216ENST00000620483 4335 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PRAMEF20-201ENST00000316412 1597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 DPF1-203ENST00000414789 1960 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 ABCB9-202ENST00000344275 2394 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 PMS2P4-201ENST00000412466 1052 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL160408.2-201ENST00000436039 693 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 TMEM88-202ENST00000574668 510 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 MNT-208ENST00000575394 606 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 LINC00623-204ENST00000617702 746 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 C2orf27A-205ENST00000624391 1335 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 EEF1D-205ENST00000442189 2207 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 CSPG5-202ENST00000383738 4161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 SCP2-202ENST00000371513 2003 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 GRM2-204ENST00000442933 2064 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.11
CCDC87Q9NVE4 FAM213B-204ENST00000419916 2749 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LTBP4-201ENST00000204005 5032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ISYNA1-202ENST00000457269 1703 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PITX2-201ENST00000306732 2320 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CETN1-201ENST00000327228 1758 ntAPPRIS P1 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ETV4-205ENST00000545954 1775 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CLN8-211ENST00000636934 1790 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PPP1R7-201ENST00000234038 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MAFF-207ENST00000538999 2365 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LINC00313-201ENST00000332440 579 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SNCA-205ENST00000394991 1290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC140658.5-201ENST00000438532 169 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LINC01143-201ENST00000449073 625 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC008127.1-201ENST00000548424 499 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LONRF3-202ENST00000371628 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ULK1-201ENST00000321867 5310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 QKI-201ENST00000275262 6964 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 BID-205ENST00000399774 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 DTNB-209ENST00000407038 2294 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CCDC189-204ENST00000541260 1531 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC009041.2-204ENST00000568394 3343 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SLC22A5-203ENST00000435065 1746 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 C16orf70-201ENST00000219139 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 VOPP1-201ENST00000285279 2962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 GCSH-208ENST00000639169 2537 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SNHG11-201ENST00000359074 1031 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC018730.1-201ENST00000454183 327 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 EEF1E1-205ENST00000507463 654 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC107918.2-201ENST00000530817 355 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AQP6-203ENST00000551733 849 ntTSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC004832.1-201ENST00000610936 1005 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NR1H3-204ENST00000407404 1330 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC063926.2-201ENST00000623766 1308 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 CRTAC1-203ENST00000370597 2890 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MANBAL-204ENST00000397151 1503 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MANBAL-205ENST00000397152 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 HEXB-207ENST00000511181 2021 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 PTRH1-204ENST00000419060 2692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 HYAL3-202ENST00000359051 1635 ntTSL 5 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 VCX3A-201ENST00000381089 995 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 HLA-J-202ENST00000469281 1241 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 JPH4-203ENST00000544177 1124 ntTSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 FAM181A-205ENST00000557719 1072 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC21.93■■□□□ 1.1
CCDC87Q9NVE4 AC015911.4-201ENST00000588022 1070 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.2 ms