Protein–RNA interactions for Protein: Q9NTJ3

SMC4, Structural maintenance of chromosomes protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,288 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMC4Q9NTJ3 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CXXC1-212ENST00000589940 2242 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TLE2-217ENST00000590536 2344 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TEX13A-201ENST00000600991 1377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 PARD3-201ENST00000340077 3518 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 LSR-212ENST00000602122 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ATOH1-201ENST00000306011 2212 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 SLC12A9-202ENST00000415287 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TMCO1-207ENST00000580248 1735 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TRABD2A-202ENST00000409133 1554 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CABP4-202ENST00000438189 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RBCK1-215ENST00000640614 2599 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 KLF4P1-201ENST00000412782 1185 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RBSN-204ENST00000449050 903 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 PGAP2-206ENST00000459679 795 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RNPS1-224ENST00000569598 918 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NFIB-212ENST00000622520 1274 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AP000867.4-201ENST00000641616 219 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TAF1C-222ENST00000570117 2349 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ODF2-204ENST00000372814 2249 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ANGPTL4-202ENST00000393962 1705 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 IL12RB2-202ENST00000371000 2454 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 MAFK-201ENST00000343242 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 JMJD4-201ENST00000366758 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 FOXD3-AS1-201ENST00000418244 941 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 UBE2E1-AS1-201ENST00000426702 778 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 UBXN10-AS1-201ENST00000442226 510 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC132008.2-207ENST00000454517 770 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AP001269.4-201ENST00000609611 512 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AL121772.3-201ENST00000610840 674 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TINF2-201ENST00000267415 1852 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 SSC5D-202ENST00000587166 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 LINC00905-202ENST00000588117 1768 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RMDN3-202ENST00000338376 2251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 FOXD4L4-201ENST00000377413 2230 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TEAD2-204ENST00000593945 2141 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC009336.1-201ENST00000608941 1553 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TMPRSS5-207ENST00000540540 2001 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 T-201ENST00000296946 2436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RTN4-204ENST00000357732 2390 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 STX3-201ENST00000337979 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 GDF7-201ENST00000272224 9749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 PPP1R16A-202ENST00000435887 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ALDH16A1-201ENST00000293350 3153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 EMD-201ENST00000369835 966 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC068134.1-202ENST00000439072 356 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC008105.3-202ENST00000585471 1077 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 MTG1-201ENST00000317502 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 HAS3-205ENST00000569188 2170 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 MCCC1-201ENST00000265594 2545 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 C6orf136-203ENST00000376473 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 ABHD11-205ENST00000437775 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TRIM17-204ENST00000366698 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 PWP1-202ENST00000541166 1722 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 AC012313.1-201ENST00000593393 3059 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 MAPRE1-201ENST00000375571 2623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 RETREG1-201ENST00000306320 3268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 E2F2-201ENST00000361729 5191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SMC4Q9NTJ3 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.6 ms