Protein–RNA interactions for Protein: O60663

LMX1B, LIM homeobox transcription factor 1-beta, humanhuman

Predictions only

Length 402 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LMX1BO60663 AC009084.1-201ENST00000566869 317 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TBCB-205ENST00000585746 875 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TEN1-204ENST00000588202 862 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SMIM22-203ENST00000588500 525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AGAP2-201ENST00000257897 5388 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 KRT8-201ENST00000293308 1882 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TAF4B-201ENST00000269142 5260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 USF2-202ENST00000343550 1523 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 DBNDD2-204ENST00000372712 1537 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 C6orf203-202ENST00000405204 1420 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PODXL-201ENST00000322985 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ANKIB1-201ENST00000265742 6081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 RABGAP1L-204ENST00000357444 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 HLA-F-217ENST00000334668 1283 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AL591212.1-201ENST00000433646 615 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 HLA-F-220ENST00000434407 884 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PTX4-202ENST00000440447 1117 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 PNN-202ENST00000553331 656 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 TMIGD2-202ENST00000595645 1212 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 FKBP3-201ENST00000216330 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 CACNA1A-227ENST00000636549 6792 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 MIB2-232ENST00000520777 3321 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 DHRS7B-206ENST00000579303 1479 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.06
LMX1BO60663 SMPD4-202ENST00000409031 4896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TBX6-203ENST00000553607 2162 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 BLCAP-201ENST00000373537 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 VAC14-201ENST00000261776 3099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 OGG1-206ENST00000349503 1950 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SCT-201ENST00000176195 366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DGUOK-201ENST00000264093 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TMEM150B-201ENST00000326652 943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DGUOK-202ENST00000348222 880 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 IFNGR1-201ENST00000367739 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PSMA7-203ENST00000370873 996 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AUNIP-201ENST00000374298 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 MIR662-201ENST00000384847 95 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 MIEF2-202ENST00000395703 718 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CST3-202ENST00000398409 832 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AP000347.1-202ENST00000435868 847 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINC00265-3P-201ENST00000447588 903 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 EMBP1-201ENST00000458200 901 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TRPC2-202ENST00000526541 1189 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 KLK12-205ENST00000529888 735 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AK2-210ENST00000548033 936 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC021066.1-201ENST00000549788 647 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PAQR4-204ENST00000574988 869 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINC01451-201ENST00000623792 534 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 WDR6-223ENST00000627177 207 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CACNA1A-215ENST00000635727 7536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 AC027312.1-201ENST00000523591 1571 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RUNX1-203ENST00000358356 2720 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 STAT5A-207ENST00000546010 3086 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 LINC01569-202ENST00000573042 2093 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ACAP1-201ENST00000158762 2512 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SLC7A2-205ENST00000522656 2274 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 PSMA1-209ENST00000530457 1527 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 RXRB-201ENST00000374680 2908 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SPDEF-201ENST00000374037 1895 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CFC1-202ENST00000615342 1554 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
LMX1BO60663 CFC1B-202ENST00000619050 1554 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.5 ms