Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 TRAM2-AS1-201ENST00000453216 664 ntTSL 3 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC26.66■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC26.64■■□□□ 1.86
LIMA1Q9UHB6 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC26.64■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC26.63■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.62■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.61■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC26.6■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 PARD6A-202ENST00000458121 1260 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC26.58■■□□□ 1.85
LIMA1Q9UHB6 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.57■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC26.56■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC26.55■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.54■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 MLEC-202ENST00000412616 841 ntTSL 3 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.53■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC26.52■■□□□ 1.84
LIMA1Q9UHB6 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.52■■□□□ 1.84
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.3 ms