Protein–RNA interactions for Protein: Q9HBJ7

USP29, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 29, humanhuman

Predictions only

Length 922 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP29Q9HBJ7 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
USP29Q9HBJ7 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 C1orf122-201ENST00000373042 973 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.11■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 CBWD5-202ENST00000377384 1347 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 CEP120-209ENST00000515110 606 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
USP29Q9HBJ7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 AGO3-204ENST00000397828 1035 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC25.05■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 AC020928.2-201ENST00000588717 2197 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 GDF1-201ENST00000247005 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 CERS1-204ENST00000623882 2517 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 AC022413.1-201ENST00000624602 984 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
USP29Q9HBJ7 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP29Q9HBJ7 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.2 ms