Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
VPS39Q96JC1 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 P2RX2-203ENST00000350048 1344 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
VPS39Q96JC1 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 FGF20-201ENST00000180166 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
VPS39Q96JC1 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MACF1-219ENST00000484793 834 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.16■■□□□ 1.46
VPS39Q96JC1 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms