Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
PKNOX1P55347 RANBP1-202ENST00000402752 1132 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 MPST-206ENST00000429360 1331 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 C2CD4D-201ENST00000454109 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 RILPL1-205ENST00000636882 2258 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 HES6-205ENST00000409356 528 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 UBALD1-202ENST00000587615 799 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC23.73■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 ZNRF2P2-203ENST00000454624 420 ntBASIC23.72■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 HSPB11-201ENST00000194214 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
PKNOX1P55347 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 ING2-201ENST00000302327 1189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 AGPS-202ENST00000409888 815 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 ATP6V0A2-209ENST00000613625 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 ZFAND2B-206ENST00000409336 944 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 NHLRC4-201ENST00000424439 2097 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 TRIM52-AS1-203ENST00000509252 529 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 CLEC3B-202ENST00000428034 752 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
PKNOX1P55347 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23.64■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
PKNOX1P55347 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.2 ms