Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 TUFM-201ENST00000313511 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 LTBR-211ENST00000543190 785 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 C16orf74-207ENST00000602914 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 IFNL4-202ENST00000616270 1132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PCGF6-202ENST00000369847 2230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RGS3-202ENST00000342620 1714 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SLC25A35-202ENST00000577745 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PLEKHG4-205ENST00000450733 4480 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CALHM3-201ENST00000369783 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CRKL-201ENST00000354336 5325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CLIP2-201ENST00000223398 5563 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RBM15B-201ENST00000563281 6641 ntAPPRIS P1 BASIC21.34■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RPN2-201ENST00000237530 2515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 AL023806.1-201ENST00000603994 1649 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 BEST2-202ENST00000549706 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CTSB-228ENST00000533455 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 GRAMD2B-201ENST00000285689 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ZNF470-201ENST00000330619 7151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 DACT1-202ENST00000395153 3734 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PYDC1-201ENST00000302964 813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PLCB1-204ENST00000404098 1260 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 HDAC11-AS1-201ENST00000424112 515 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 AC004080.5-201ENST00000498652 368 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 MED9-202ENST00000580462 565 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CD24-206ENST00000620405 586 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ZBTB17-216ENST00000537142 2511 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 RDH10-201ENST00000240285 3949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PTGES-201ENST00000340607 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 METTL21A-208ENST00000448007 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 BOC-212ENST00000485230 2173 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CPAMD8-203ENST00000443236 5992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 USP7-201ENST00000344836 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 KEAP1-201ENST00000171111 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PI4KAP1-201ENST00000610959 2425 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ESAM-201ENST00000278927 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ACSM2B-208ENST00000565322 1834 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ASPH-211ENST00000518068 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CD209-210ENST00000601951 1439 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 HMGA1-201ENST00000311487 1920 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 DNAJC4-201ENST00000321460 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 AC126696.3-202ENST00000570159 553 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 UNC5D-203ENST00000416672 3532 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 VIM-201ENST00000224237 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ALPPL2-201ENST00000295453 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 FRS2-206ENST00000549921 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 UBE2I-207ENST00000406620 1842 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 RNF182-206ENST00000537388 3274 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CENPT-215ENST00000564817 1638 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PTCRA-201ENST00000304672 1080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 AC105935.2-201ENST00000435478 544 ntTSL 4 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PTCRA-202ENST00000441198 1005 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 MYD88-206ENST00000443433 914 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PTCRA-203ENST00000446507 759 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CCNG1-211ENST00000512163 919 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 LY6E-210ENST00000521182 1079 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 DUX4-205ENST00000570263 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 NDUFS2-202ENST00000392179 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 WNT9B-201ENST00000290015 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CHRNB4-202ENST00000412074 1355 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 NOL3-211ENST00000568146 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 PSRC1-205ENST00000409138 1826 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 FRMD4A-203ENST00000357447 6821 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 DNM2-203ENST00000389253 3581 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 ARHGEF18-201ENST00000319670 5212 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 MEI1-215ENST00000540833 2326 ntTSL 5 BASIC21.3■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 GBX2-203ENST00000551105 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
BRPF3Q9ULD4 IRF3-203ENST00000377139 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.3■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 131.8 ms