Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 AC127496.4-201ENST00000571591 549 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC010327.4-202ENST00000591484 748 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC006557.2-201ENST00000592985 1240 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC007193.2-201ENST00000596807 472 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TFEB-203ENST00000358871 2188 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 HFE2-204ENST00000475797 1381 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF710-201ENST00000268154 4617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MSI2-203ENST00000416426 1714 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MATN4-205ENST00000537548 1991 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 POLR3E-209ENST00000564209 2464 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MARK2-211ENST00000513765 2671 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ACTN4-201ENST00000252699 4963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AQP12A-201ENST00000337801 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 VMO1-202ENST00000354194 651 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AL355310.2-201ENST00000369843 688 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 IMP4-203ENST00000409935 958 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SPDYE21P-201ENST00000413323 827 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 UPF3AP3-201ENST00000420996 769 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC134772.1-202ENST00000435578 549 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MIR503HG-203ENST00000441492 649 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AP005233.2-201ENST00000561588 372 ntTSL 3 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC116407.2-201ENST00000613639 860 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 LCE1E-203ENST00000619588 267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AC073592.5-201ENST00000624854 528 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 LINC01635-202ENST00000635097 1023 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 LY6E-207ENST00000520466 1419 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC16-201ENST00000599858 1437 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TMPRSS2-206ENST00000458356 1701 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 PAK4-209ENST00000599470 1715 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 FAM110A-202ENST00000304189 1856 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SLC39A5-201ENST00000266980 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 STK4-201ENST00000372801 2038 ntTSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 TCF25-225ENST00000614813 2047 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ECE1-203ENST00000374893 2484 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZFP91-201ENST00000316059 5220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ZNF668-208ENST00000538906 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 FOXI3-201ENST00000428390 2804 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MEST-201ENST00000223215 2465 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 ST3GAL3-206ENST00000351035 2377 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 FDFT1-226ENST00000623368 2368 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 COBL-202ENST00000395540 2332 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 AATF-208ENST00000619387 2141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 RGN-204ENST00000457380 2041 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 BICD1-207ENST00000551848 1962 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
CCDC3Q9BQI4 SLC16A13-201ENST00000308027 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TMEM59L-201ENST00000262817 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PDE9A-205ENST00000349112 1616 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SEPT4-201ENST00000317256 1530 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SGCB-201ENST00000381431 4431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AL512785.2-202ENST00000367932 830 ntTSL 4 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PDHA1-203ENST00000379805 734 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 C22orf39-203ENST00000399568 1005 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CRCP-205ENST00000431089 942 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PRYP5-201ENST00000451909 266 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MRNIP-205ENST00000518235 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NT5C3B-215ENST00000521789 993 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ARMC7-204ENST00000582136 1204 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 SMIM22-210ENST00000615471 928 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 PGM5P2-202ENST00000637225 1043 ntBASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 LUC7L2-210ENST00000619796 2783 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CHPF-203ENST00000535926 2634 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CPT2-207ENST00000636867 2643 ntTSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ZZZ3-201ENST00000370798 2468 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NCCRP1-201ENST00000339852 1978 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 APP-203ENST00000354192 3167 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 ENC1-205ENST00000510316 5381 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 MAP4K4-205ENST00000350878 7640 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
CCDC3Q9BQI4 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms