Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 HMGN4-201ENST00000377575 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AP000695.1-201ENST00000429588 893 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC087163.2-201ENST00000457299 853 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 SMN2-210ENST00000511812 867 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 IL18BP-211ENST00000531053 853 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF773-202ENST00000593916 548 ntTSL 3 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CYP2D6-204ENST00000389970 1714 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 NEIL2-203ENST00000436750 2226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MAP3K13-212ENST00000448876 1681 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF282-204ENST00000610704 3722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PPT2-246ENST00000375137 1945 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 DISC1-204ENST00000366633 2676 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 DISC1-214ENST00000539444 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PRR22-202ENST00000419421 1392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 URAHP-203ENST00000517889 1381 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MPP2-206ENST00000518766 1896 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ERMARD-210ENST00000588451 2146 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FKRP-202ENST00000391909 2801 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC129492.6-201ENST00000611383 1305 ntBASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PTPA-204ENST00000355007 2515 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FAM153A-203ENST00000440605 1966 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 NDUFA11-201ENST00000308961 539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GRHPR-201ENST00000318158 1280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PDLIM7-201ENST00000355572 977 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 USP30-AS1-201ENST00000478808 656 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MBD1-206ENST00000382948 2434 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CITED2-201ENST00000367651 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 BORCS6-201ENST00000389017 2575 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 PSENEN-202ENST00000587708 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CTDP1-208ENST00000613122 5866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RBM7-201ENST00000375490 2064 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ZNF598-204ENST00000563630 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CHD1L-204ENST00000431239 2907 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MAFF-206ENST00000538320 2458 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 SSBP3-203ENST00000371319 1578 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FAM86DP-207ENST00000497543 2152 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 LINC02138-201ENST00000378340 1326 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 SIL1-201ENST00000265195 1895 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GBA2-201ENST00000378088 1672 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RPS8P6-201ENST00000426177 609 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 C1orf226-202ENST00000426197 1049 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC130456.4-201ENST00000568635 665 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 LINC00668-203ENST00000579012 605 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 TMEM220-AS1-206ENST00000583343 876 ntTSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CSK-201ENST00000220003 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AL355312.1-201ENST00000407115 2176 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 EMX2-201ENST00000442245 2710 ntTSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 DUS3L-201ENST00000309061 2113 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 TCAP-201ENST00000309889 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 LEFTY2-201ENST00000366820 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ADRA1A-205ENST00000380582 2089 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 DGKI-202ENST00000424189 4163 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 CABP7-201ENST00000216144 3259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 C19orf48-202ENST00000391812 1666 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 BEGAIN-202ENST00000443071 2744 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GTDC1-219ENST00000542155 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GBGT1-203ENST00000372040 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 ANKRD54-202ENST00000406423 954 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 RFX3-AS1-201ENST00000423112 552 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MCF2L-AS1-201ENST00000446789 712 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC005020.2-201ENST00000455905 830 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 AC107464.1-203ENST00000468356 2120 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GLI4-207ENST00000521682 1082 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MRPL52-208ENST00000553711 586 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 HOPX-214ENST00000556614 1138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 GRB10-205ENST00000401949 2627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 C12orf65-202ENST00000366329 1901 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 REEP1-208ENST00000538924 1702 ntTSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
TRIM28Q13263 SRSF1-201ENST00000258962 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42 ms