Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 AC103564.2-201ENST00000432853 1299 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 B4GALT1-AS1-202ENST00000442432 843 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AL160237.2-201ENST00000556165 472 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CARHSP1-205ENST00000562843 843 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC104692.2-201ENST00000603054 253 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AL355877.3-201ENST00000622820 899 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PYGL-201ENST00000216392 3048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FAM20A-205ENST00000592554 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RELA-226ENST00000612991 2266 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CACNA1A-225ENST00000636389 8137 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLC39A1-210ENST00000617697 2214 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 BPGM-203ENST00000418040 1870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CCDC137-201ENST00000329214 2468 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ETNK2-203ENST00000367202 2434 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AP005117.1-201ENST00000584346 1413 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PSRC1-203ENST00000369907 1717 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ZNF397-204ENST00000585800 2046 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RELL2-201ENST00000297164 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 NOL4-211ENST00000589544 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DCHS2-201ENST00000339452 5064 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CAPN1-201ENST00000279247 3007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 HES1-201ENST00000232424 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SOD2-201ENST00000337404 991 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ROMO1-203ENST00000374077 422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLC9A3R1-202ENST00000413388 1285 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC026336.2-201ENST00000563922 763 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC036176.1-201ENST00000589905 785 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CALM3-211ENST00000598871 561 ntTSL 4 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MUC1-224ENST00000611577 1023 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RNF32-201ENST00000311822 1842 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 GPANK1-202ENST00000375895 1800 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 C11orf80-203ENST00000525449 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FCER2-202ENST00000360067 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MAPKAPK3-201ENST00000357955 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RPS6KA5-201ENST00000418736 2249 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 KRT8P10-201ENST00000450021 1447 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RIN1-201ENST00000311320 2693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 LTBP4-203ENST00000308370 4948 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TSKS-201ENST00000246801 1883 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TDRP-201ENST00000324079 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 THEG-201ENST00000342640 1877 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SOGA3-203ENST00000525778 4077 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DVL2-201ENST00000005340 3018 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CACNG5-202ENST00000533854 1311 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 HECTD2-204ENST00000446394 4939 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 IVNS1ABP-202ENST00000367498 4199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SMOC1-201ENST00000361956 2040 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DMRTA1-201ENST00000325870 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TMUB2-213ENST00000589856 1505 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AEBP2-201ENST00000266508 3620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RNASEH2A-201ENST00000221486 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TFPT-203ENST00000391759 1205 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AQP12A-202ENST00000429564 1110 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AP002469.2-201ENST00000531724 424 ntBASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MED16-213ENST00000616387 1078 ntTSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PDCD7-201ENST00000204549 2851 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 TSLP-203ENST00000420978 2621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 WDR18-204ENST00000587001 1465 ntTSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 CHUK-201ENST00000370397 3625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 AC074389.1-201ENST00000382528 1423 ntTSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PCDHA8-202ENST00000531613 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLC16A5-203ENST00000538213 1842 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 PHRF1-205ENST00000533464 5218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.05■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 B3GALT5-206ENST00000615480 2617 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RAB17-201ENST00000264601 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SDR39U1-206ENST00000553930 1325 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 FAM129C-202ENST00000335393 2508 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 MXRA8-209ENST00000477278 2728 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 SLCO4A1-202ENST00000370507 2665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 LMNA-207ENST00000368301 2461 ntTSL 2 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 QRFP-201ENST00000343079 411 ntAPPRIS P1 BASIC18.04■□□□□ 0.48
VPS28Q9UK41 RWDD3-202ENST00000370202 1235 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.04■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.1 ms