Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 GRTP1-205ENST00000620217 1073 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 SLC26A1-205ENST00000622731 1057 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 GYG1-214ENST00000627418 1831 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 HOXC6-202ENST00000394331 2943 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 HAPLN3-204ENST00000562889 1547 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TGDS-201ENST00000261296 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ZNF346-208ENST00000511834 2306 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 IQSEC2-218ENST00000640694 5958 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 DYRK1B-203ENST00000430012 2007 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ST6GALNAC6-201ENST00000291839 2280 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 APLP2-210ENST00000528499 2530 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 USP18-201ENST00000215794 2129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 HNRNPDL-210ENST00000630827 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TFAP2A-AS1-201ENST00000420777 1575 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TRIM60-203ENST00000508504 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 RAX2-201ENST00000555633 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 YDJC-202ENST00000398873 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 KRT18P27-201ENST00000427733 1299 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC091180.3-201ENST00000506504 963 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TUBA1A-203ENST00000546918 984 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 TUBB4A-209ENST00000598006 565 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC116407.3-201ENST00000623905 1129 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 GFAP-203ENST00000435360 1779 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ZNF487-202ENST00000437590 2111 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ZNF296-202ENST00000622376 1631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC148477.5-201ENST00000625164 1645 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 PIGV-201ENST00000078527 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 PCCB-209ENST00000469217 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 NINL-201ENST00000278886 4969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 LINC00894-202ENST00000425602 1597 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 CBFA2T2-201ENST00000342704 2864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AL034417.2-201ENST00000445300 2044 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 LMCD1-204ENST00000426878 1431 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ATP2A2-201ENST00000308664 4453 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 DPM3-201ENST00000341298 486 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 GSTZ1-202ENST00000349555 867 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 BAG1-202ENST00000379704 1128 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 AC136632.2-201ENST00000512891 861 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 RPS29-206ENST00000557111 488 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 FOXP1-223ENST00000622151 429 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 RNPS1-203ENST00000397086 2069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 PRKAG1-206ENST00000548065 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 C10orf111-201ENST00000624760 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ZNF517-202ENST00000525105 1383 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
CHMP4AQ9BY43 ARNTL-203ENST00000403290 2746 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 SLC7A9-202ENST00000587772 1568 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 WWP1-202ENST00000517970 4686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CTTN-203ENST00000376561 2247 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 EWSR1-207ENST00000406548 2207 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TMEM145-201ENST00000301204 1768 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 IL9RP2-201ENST00000423948 1312 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TRAPPC3-209ENST00000616395 1336 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ADCY3-201ENST00000260600 5050 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC007040.2-201ENST00000606025 4170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 DBNL-213ENST00000452943 1513 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TFEB-206ENST00000403298 2162 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TMEM250-201ENST00000418388 2823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GHRHR-201ENST00000326139 1602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CACNA1B-203ENST00000371355 9647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CTSA-204ENST00000372484 2149 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 LINC01237-203ENST00000430555 843 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 PRSS8-206ENST00000568261 1214 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AL139424.1-201ENST00000607572 797 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 MIR7706-201ENST00000613747 67 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC005593.1-201ENST00000624894 515 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 FAM69B-201ENST00000371691 2410 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 BTG3-202ENST00000348354 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GDF10-201ENST00000580279 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 KLHL17-201ENST00000338591 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CDH24-205ENST00000554034 2759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 MIB2-231ENST00000518681 3116 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ZNF696-201ENST00000330143 2795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 LRCH4-201ENST00000310300 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 CHAC1-204ENST00000617768 1560 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 GPR89P-201ENST00000407924 1495 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 TSPY3-202ENST00000440483 414 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
CHMP4AQ9BY43 AC080075.1-201ENST00000469747 427 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.7 ms