Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 P2RX5-209ENST00000552276 1642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 APP-202ENST00000348990 3355 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 XKR6-203ENST00000416569 3382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 RTKN-203ENST00000305557 2646 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 MRC2-201ENST00000303375 5988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 RPS12-201ENST00000230050 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 OR10H5-201ENST00000308940 1132 ntAPPRIS P1 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 POM121L3P-201ENST00000419331 1163 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ZFPM1-205ENST00000569086 563 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC087645.2-201ENST00000586321 799 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC010632.1-201ENST00000590376 572 ntTSL 4 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC114488.2-214ENST00000609033 813 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NDUFA6-204ENST00000617763 1183 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TP53I11-223ENST00000627720 195 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 COQ9-201ENST00000262507 1677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ZBTB33-201ENST00000326624 5211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SNED1-204ENST00000401884 4538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TRNT1-205ENST00000402675 1935 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CLDN6-202ENST00000396925 1739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 DNASE1L2-201ENST00000320700 1326 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HR-202ENST00000381418 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 STRN4-201ENST00000263280 3210 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 VPS26A-202ENST00000373382 3229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ARHGEF19-201ENST00000270747 3029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ETV7-204ENST00000373738 1570 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PCSK5-201ENST00000376752 5756 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FAM9B-202ENST00000362066 2047 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TNIP1-211ENST00000521591 2274 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ANKRD29-208ENST00000592179 3361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PILRB-208ENST00000452089 2099 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC009779.2-201ENST00000552576 1443 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FBXW11-202ENST00000296933 4539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CYP2W1-201ENST00000308919 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TMC6-202ENST00000322914 2786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 WDR13-201ENST00000218056 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ZNF618-203ENST00000374126 3018 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC003002.1-202ENST00000596755 1743 ntAPPRIS P1 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PFDN6-201ENST00000374606 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 THAP5-204ENST00000438865 868 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PHGR1-201ENST00000448599 436 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC004080.2-201ENST00000523331 556 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 STK25P1-201ENST00000585406 838 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC087289.1-201ENST00000586808 890 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LCE1C-202ENST00000607093 644 ntAPPRIS P2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 REXO2-220ENST00000611665 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LINC00271-201ENST00000421378 1580 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TMEFF2-201ENST00000272771 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SNX16-201ENST00000345957 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC254629.1-202ENST00000618276 2112 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PFKL-201ENST00000349048 2912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 A4GALT-202ENST00000381278 1935 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NODAL-201ENST00000287139 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ZDHHC23-201ENST00000330212 3778 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 LINC00921-202ENST00000573951 2468 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 SLC29A2-206ENST00000546034 2509 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 CDC42EP3-201ENST00000295324 5700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 DNAJC28-203ENST00000402202 1480 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC079922.2-201ENST00000457336 2022 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ST8SIA4-202ENST00000451528 1794 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC046185.3-201ENST00000623228 1824 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 VHL-202ENST00000345392 2696 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NEURL2-201ENST00000372518 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 RASGRP2-208ENST00000394428 444 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 TMEM213-202ENST00000413208 480 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 NAT6-202ENST00000417393 1163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AKR7L-201ENST00000420396 1240 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AP000344.1-201ENST00000454268 641 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AP000344.1-202ENST00000457193 586 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 FICD-205ENST00000552758 603 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 AC003688.1-201ENST00000577138 489 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC13.56□□□□□ -0.24
CCDC140Q96MF4 GPX4-210ENST00000611653 793 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.5 ms