Protein–RNA interactions for Protein: Q8IX90

SKA3, Spindle and kinetochore-associated protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 412 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA3Q8IX90 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 FAM53C-211ENST00000513056 923 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NDUFB9-202ENST00000517367 636 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TFF3-204ENST00000518498 1109 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ABCD4-228ENST00000557588 763 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 C19orf25-204ENST00000586564 1265 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF549-203ENST00000594943 556 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 Z69720.1-201ENST00000601483 472 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AL138831.2-201ENST00000606564 490 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GGN-201ENST00000334928 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NELFA-216ENST00000542778 2465 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MIB1-201ENST00000261537 9576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PTPRU-202ENST00000373779 5579 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CYP2D7-208ENST00000614967 1504 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RBFOX1-222ENST00000585867 1580 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CCDC78-201ENST00000293889 1611 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LRRC27-214ENST00000625755 1738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC133561.2-201ENST00000380145 1802 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NLGN2-201ENST00000302926 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CASZ1-202ENST00000377022 7936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZFP3-201ENST00000318833 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CNST-202ENST00000366512 2422 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PCK2-205ENST00000558096 2433 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF211-211ENST00000541801 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC084018.2-201ENST00000613093 2607 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DTX2-201ENST00000324432 2769 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MPIG6B-202ENST00000375805 668 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CYHR1-203ENST00000424149 1162 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF337-AS1-204ENST00000428254 817 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 KRT17P6-201ENST00000453795 1220 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AK2-204ENST00000467905 880 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LINC00882-201ENST00000473636 710 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AP000867.3-201ENST00000524675 377 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TSFM-208ENST00000543727 651 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DCTPP1-204ENST00000568434 853 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CHRNB1-207ENST00000575379 1095 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 UBR5-207ENST00000520539 10297 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LUC7L-204ENST00000397783 1504 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SIGIRR-201ENST00000332725 1639 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 POLR2M-206ENST00000494490 1648 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PSRC1-204ENST00000369909 1742 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NSUN5P2-205ENST00000602348 1776 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AL138828.1-202ENST00000576956 1881 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NEU1-206ENST00000375631 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GOLGA2P7-201ENST00000316967 2525 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TNIP1-221ENST00000610874 2629 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SLC9A6-208ENST00000636206 4711 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 IFFO1-201ENST00000336604 2686 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TTLL8-201ENST00000266182 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CTSB-204ENST00000453527 2011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 LARP4-210ENST00000522085 1577 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HYAL1-203ENST00000395143 1522 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 NFATC4-223ENST00000555802 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MSL1-206ENST00000579565 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PSMD4-201ENST00000368881 1333 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PAFAH1B3-201ENST00000262890 1003 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BOLA2B-201ENST00000305321 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 BOLA2-201ENST00000330978 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RPL36-202ENST00000394580 556 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AL162258.2-202ENST00000469931 831 ntTSL 5 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF346-205ENST00000506693 1276 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AC074051.2-201ENST00000565115 352 ntBASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF688-207ENST00000567855 540 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF772-206ENST00000600175 737 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 MEX3A-202ENST00000532414 6124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF274-202ENST00000345813 2678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AL355987.4-201ENST00000415992 4244 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZBTB16-202ENST00000392996 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ZNF454-202ENST00000519564 2142 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GINS4-206ENST00000520710 2022 ntTSL 2 BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 RMND5B-201ENST00000313386 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PABPC1L-217ENST00000537323 1910 ntTSL 1 (best) BASIC15.55■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 UBL3-201ENST00000380680 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GGT2-202ENST00000405188 1845 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HNF1B-202ENST00000614313 1819 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 HNF1B-203ENST00000617272 1820 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 SLC8A2-201ENST00000236877 5234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ACBD6-201ENST00000367595 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 TRMT44-205ENST00000513449 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 ABCB9-207ENST00000442833 2587 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 DTX2-202ENST00000413936 2472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 EVPL-202ENST00000586740 6223 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
SKA3Q8IX90 AQP8-201ENST00000219660 1359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.5 ms