Protein–RNA interactions for Protein: P28360

MSX1, Homeobox protein MSX-1, humanhuman

Predictions only

Length 303 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX1P28360 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC002558.1-201ENST00000488906 803 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GOLGA7-203ENST00000518270 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AF238378.1-201ENST00000526806 358 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ATP5G2-204ENST00000549164 745 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AL162171.1-201ENST00000556328 718 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC015712.1-203ENST00000559331 593 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 COX5A-202ENST00000562233 441 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ATP5G2-209ENST00000602871 668 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AL671883.3-201ENST00000603274 991 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 DNASE1L2-206ENST00000613572 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AL121832.1-201ENST00000615180 677 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC117500.6-201ENST00000624871 588 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MCRIP2-211ENST00000629534 341 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PTPN11-207ENST00000639857 801 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NIPAL2-201ENST00000341166 4581 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 LUC7L-202ENST00000337351 2097 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SDHA-204ENST00000504309 2067 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 DAB2IP-205ENST00000408936 6784 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RAP1GAP-204ENST00000374761 3318 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 DENND6B-201ENST00000413817 4939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NRBP1-203ENST00000379852 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CNOT11-201ENST00000289382 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SEPHS1-206ENST00000545675 2988 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RSRC1-211ENST00000480820 1410 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FOXO3-201ENST00000343882 7308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 BAGE2-202ENST00000474011 1482 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZDHHC20-209ENST00000542645 5315 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 INTS4P1-201ENST00000438455 1935 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TADA3-201ENST00000301964 2355 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ADAM33-203ENST00000379861 3674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GATAD2A-202ENST00000360315 5671 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 NRN1-201ENST00000244766 1624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PC-208ENST00000529047 1607 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 BAG3-201ENST00000369085 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FAM213B-202ENST00000378425 2665 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MEN1-203ENST00000337652 3162 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 HIC1-202ENST00000399849 3156 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 DHX33-201ENST00000225296 5618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC012317.2-201ENST00000623305 2251 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 GIPR-201ENST00000263281 1791 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SIT1-201ENST00000259608 1231 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MYCLP1-201ENST00000372451 1075 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PMS2P1-201ENST00000431037 1228 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC104532.1-201ENST00000588891 580 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC099811.2-203ENST00000592574 958 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 FLT3LG-206ENST00000597551 951 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AXIN2-208ENST00000611991 1019 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TST-204ENST00000622841 1105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 A4GALT-203ENST00000401850 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 PRPF39-201ENST00000355765 2868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RBPMS-203ENST00000339877 1341 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MARK2-201ENST00000350490 2903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC011840.1-202ENST00000436477 1351 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SLC27A5-207ENST00000601355 1987 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SERPINB6-208ENST00000616722 2047 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ADGRD2-201ENST00000334810 3244 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 DTX3-204ENST00000548804 2067 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC022916.1-201ENST00000590478 2658 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZNF280D-205ENST00000559000 4726 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 TRIM15-207ENST00000376694 2214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 AC134043.2-201ENST00000624206 2238 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 EVX1-202ENST00000496902 2955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RNF2-201ENST00000367509 1677 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 MYH14-203ENST00000425460 6811 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 CCDC177-201ENST00000599174 4131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.17
MSX1P28360 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 CHTOP-205ENST00000403433 1923 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 ZCCHC23-201ENST00000500526 1951 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 ARF1-214ENST00000541182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 MSANTD1-201ENST00000438480 2922 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 BEGAIN-211ENST00000637646 2911 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 PTRHD1-201ENST00000328379 1105 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 RCN1P2-201ENST00000398357 915 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 TP53TG1-202ENST00000416560 710 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 FIGNL1-207ENST00000435566 593 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 ICAM2-203ENST00000449662 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 IGHV3-52-201ENST00000519770 353 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AP001005.1-201ENST00000571755 1248 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 MIR5100-201ENST00000579544 119 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 TMED1-207ENST00000591695 809 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 CCDC61-202ENST00000594087 1017 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 AL773604.1-201ENST00000617417 272 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 HNF1B-206ENST00000620125 1103 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 TP73-AS1-207ENST00000624167 988 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 C18orf63-201ENST00000579455 5127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 RPL13P5-202ENST00000412023 1438 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 SVOPL-204ENST00000436657 1420 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 HSPA4-205ENST00000617074 2358 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
MSX1P28360 HLA-J-201ENST00000462773 1622 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms