Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AL353608.3-201ENST00000603200 2211 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SP100-208ENST00000427101 1922 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PAX3-201ENST00000258387 958 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 NOL7-202ENST00000451315 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AL359075.1-203ENST00000462729 1002 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DUX4L26-201ENST00000489078 1255 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC063952.2-201ENST00000498792 1227 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SYNGR4-204ENST00000601610 859 ntTSL 3 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 HYMAI.1-201ENST00000620949 238 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MID1IP1-202ENST00000378474 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 UCKL1-202ENST00000358711 1845 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 IFT140-201ENST00000361339 2987 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PCDHB17P-201ENST00000539533 2393 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AL391807.1-203ENST00000604392 2365 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RALY-203ENST00000375114 6430 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PCDHA14-201ENST00000506751 2298 ntBASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PLD3-207ENST00000409735 2140 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DACT3-203ENST00000410105 3085 ntTSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ABHD15-201ENST00000307201 3592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GLB1-202ENST00000307377 2018 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DAPK2-205ENST00000558069 1473 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CCDC120-206ENST00000603986 2379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ZNF655-203ENST00000357864 1370 ntTSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 LETM2-205ENST00000519476 2240 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 HCG11-201ENST00000411553 5696 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 DGCR6-201ENST00000331444 1214 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CHTOP-202ENST00000368687 1094 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 C6orf48-206ENST00000375641 602 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 AC034232.1-201ENST00000506026 1064 ntBASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 MAP3K14-AS1-202ENST00000585351 893 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CRY1-201ENST00000008527 3267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PLCB3-204ENST00000540288 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 BANP-201ENST00000286122 2368 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ENC1-201ENST00000302351 5520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ASL-204ENST00000395331 1538 ntTSL 5 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SPAG4-201ENST00000374273 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SP7-203ENST00000537210 1472 ntTSL 1 (best) BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC21.39■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 MIR4300HG-201ENST00000500502 1397 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 KCNH1-214ENST00000640566 1365 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SLC23A3-203ENST00000409878 2010 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 OGFOD2-211ENST00000538628 1696 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RUSC2-202ENST00000455600 5636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CDC25B-202ENST00000340833 1978 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PNO1-201ENST00000263657 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 EDARADD-201ENST00000334232 858 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ZNF32-201ENST00000374433 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ABHD14B-208ENST00000525795 980 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 GSTZ1-218ENST00000557053 580 ntTSL 3 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CADM1-222ENST00000616271 1246 ntTSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SERPINH1-201ENST00000358171 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CYP4F8-210ENST00000612078 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ARL13B-203ENST00000394222 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 GXYLT1-202ENST00000398675 7497 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 TAF1D-203ENST00000448108 2082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 OTOP2-202ENST00000580223 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 EIPR1-201ENST00000382125 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 NARF-204ENST00000390006 1766 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SPACA1-201ENST00000237201 1499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 ANXA8-202ENST00000583448 1971 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 HSPA1A-202ENST00000608703 1909 ntTSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 PNLDC1-207ENST00000610273 1940 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 DACH1-202ENST00000613252 5233 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 LHFPL6-201ENST00000379589 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
BRPF3Q9ULD4 SASH1-201ENST00000367467 7711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.3 ms