Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 P3H1-204ENST00000397054 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 EIF5-201ENST00000216554 5945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 RBFOX1-204ENST00000422070 1684 ntTSL 2 BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SNAP47-201ENST00000315781 2367 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SHC3-202ENST00000375835 9768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF28-203ENST00000426542 6118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AMDHD2-203ENST00000413459 2049 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ZBTB4-201ENST00000311403 5956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PIANP-204ENST00000540656 2432 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 MAN2A1-201ENST00000261483 4667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TRAPPC1-201ENST00000303731 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AL020989.1-201ENST00000422979 469 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TWIST2-201ENST00000448943 1176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TINAGL1-202ENST00000457433 2140 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ARTN-206ENST00000472435 402 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 GIPC1-213ENST00000591349 1068 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC027612.4-201ENST00000605371 583 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ZEB1-AS1-209ENST00000607455 559 ntTSL 4 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 GPSM3-206ENST00000375040 1476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC132938.6-201ENST00000623828 1655 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 DDX42-202ENST00000389924 3939 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PDE8A-202ENST00000339708 2663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 NABP2-201ENST00000267023 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SIGLEC14-201ENST00000360844 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC104581.1-202ENST00000635932 2618 ntBASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 EHMT1-203ENST00000460843 5137 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC242426.3-201ENST00000440377 1571 ntTSL 2 BASIC18.3■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ERI1-203ENST00000519292 2107 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AIPL1-209ENST00000575265 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SH3BP1-201ENST00000357436 2852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TMEM82-201ENST00000375782 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 C12orf42-201ENST00000378113 1513 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PALM3-201ENST00000340790 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 NFATC4-220ENST00000555393 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TMED9-201ENST00000332598 1473 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ARSA-203ENST00000395619 1824 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ETNK1-202ENST00000335148 1083 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 H3F3C-201ENST00000340398 1057 ntAPPRIS P1 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AP1S3-203ENST00000396654 830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SELENOM-201ENST00000400299 694 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC092809.2-202ENST00000436706 790 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 RNASEK-207ENST00000552842 595 ntTSL 3 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SPCS2P1-201ENST00000561636 679 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 METTL23-202ENST00000586200 465 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 METTL23-212ENST00000590964 1006 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 FOXI1-201ENST00000306268 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 CBX2-202ENST00000310942 4644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SORCS3-202ENST00000369701 5757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ZBTB48-202ENST00000377674 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ADAD1-203ENST00000388725 1918 ntTSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 LRP3-201ENST00000253193 3807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ERLIN2-202ENST00000335171 1742 ntTSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ADORA1-202ENST00000337894 2919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.29■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SMARCD3-202ENST00000356800 1669 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 DCLK2-207ENST00000635524 2153 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 C4orf32-201ENST00000309733 8901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SLC22A1-203ENST00000457470 1452 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PEX5L-206ENST00000465751 2147 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 STRN3-202ENST00000357479 2799 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 PSPC1-201ENST00000338910 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 C11orf80-214ENST00000532565 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 CENPM-203ENST00000402338 1002 ntTSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC244107.1-201ENST00000442033 332 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 HYAL1-206ENST00000447605 666 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 COX20P2-201ENST00000452636 358 ntBASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 RIMS4-202ENST00000541604 1036 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 OAZ1-202ENST00000582888 969 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 COQ10B-201ENST00000263960 2239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 IGFBP4-201ENST00000269593 2200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 CCDC17-202ENST00000421127 2216 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 SLC2A11-204ENST00000398356 2388 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 TAB2-209ENST00000637181 4230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 ESPN-205ENST00000461727 1869 ntTSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
LIMD1Q9UGP4 CSF3-202ENST00000331769 1673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.28■□□□□ 0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.5 ms