Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CHMP3-203ENST00000409225 1099 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NABP1-203ENST00000409510 843 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AL031587.1-201ENST00000410099 1055 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PIGBOS1-201ENST00000436697 866 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 DDIAS-202ENST00000524921 607 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PDPK2P-202ENST00000562415 1191 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC002091.2-201ENST00000585297 402 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC004877.2-201ENST00000623941 599 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TCP11-201ENST00000244645 2018 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 WT1-205ENST00000452863 2768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 LSP1-201ENST00000311604 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 C9orf64-203ENST00000376344 2443 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 MCOLN1-201ENST00000264079 2082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 FBXO24-202ENST00000427939 2087 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 KIF25-201ENST00000351261 1326 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CORO1C-204ENST00000541050 2487 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AC099684.1-202ENST00000425277 1747 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 TPCN2-201ENST00000294309 2931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 RNFT2-209ENST00000622220 2176 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SCYL1-203ENST00000420247 2583 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 SMARCC2-203ENST00000394023 4271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 APOA5-203ENST00000542499 1929 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 AGTR1-201ENST00000349243 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 PCID2-203ENST00000375457 2372 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.07
TRIM28Q13263 NOX4-207ENST00000525196 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 GAS2L1-210ENST00000621062 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 RGN-202ENST00000352078 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 FMO5-208ENST00000578284 1784 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 MRPL55-208ENST00000366734 990 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 MRPL55-217ENST00000366746 565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 EXOSC8-202ENST00000389704 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 YWHAZ-203ENST00000395951 964 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 JMJD7-203ENST00000408047 1192 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 FAM185BP-201ENST00000443595 716 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 AP000892.1-201ENST00000504906 488 ntTSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 KRT19P2-202ENST00000557173 1012 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 GRM5-201ENST00000305432 4475 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 TRMT2A-201ENST00000252136 2964 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 THAP3-201ENST00000054650 1366 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 CGB7-202ENST00000596965 1949 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 RUNDC3B-203ENST00000394654 2064 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 CHRND-201ENST00000258385 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 WTAP-205ENST00000614346 1623 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SOCS2-AS1-202ENST00000500986 1655 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 IL17RC-201ENST00000295981 2621 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 RPRD1A-209ENST00000590898 1945 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 AL122058.1-202ENST00000426580 252 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 URGCP-206ENST00000446958 365 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 LINC01413-201ENST00000564843 772 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 AC079781.4-201ENST00000641908 219 ntBASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 PCDHB14-202ENST00000624896 2367 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SLC9A6-202ENST00000370698 4631 ntTSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 E4F1-201ENST00000301727 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 NGFR-202ENST00000504201 1840 ntTSL 2 BASIC21.69■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 GOLGA7-202ENST00000405786 1903 ntTSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SHOX-204ENST00000554971 1902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 FOXP1-210ENST00000484350 1996 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 LYSMD4-203ENST00000378904 2122 ntBASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SLC22A4-201ENST00000200652 2201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 C16orf45-201ENST00000300006 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 TNNT1-201ENST00000291901 967 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 HLA-DMA-201ENST00000374843 1123 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 ABHD11-203ENST00000395147 812 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 AL645941.2-201ENST00000429234 612 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 AP002449.1-201ENST00000588211 474 ntTSL 2 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 TNFRSF13B-201ENST00000261652 1357 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 RGS19-202ENST00000395042 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 MYBPH-202ENST00000621380 1772 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 POLR3D-201ENST00000306433 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 AHRR-209ENST00000512529 1912 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 TCTN1-229ENST00000614115 1965 ntTSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 TUBB2B-201ENST00000259818 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 PML-221ENST00000569965 2148 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 ARHGAP28-203ENST00000383472 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 LRRC20-205ENST00000395010 2959 ntTSL 3 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC21.68■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 SEMA7A-203ENST00000543145 2304 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 NME9-203ENST00000383180 2133 ntTSL 2 BASIC21.67■■□□□ 1.06
TRIM28Q13263 HIBADH-201ENST00000265395 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.67■■□□□ 1.06
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