Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 MAP2K7-202ENST00000397981 3430 ntTSL 1 (best) BASIC18.54■□□□□ 0.56
LIG3P49916 MBD1-208ENST00000398493 1845 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 FAM210A-201ENST00000322247 4340 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 PIP5K1A-207ENST00000441902 2297 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 STARD4-203ENST00000502322 1467 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 TYMSOS-201ENST00000323813 844 ntTSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 PCED1A-201ENST00000356872 1706 ntTSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 ISOC2-202ENST00000425675 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 VPS26B-202ENST00000525095 1558 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 AP000777.3-201ENST00000538705 491 ntTSL 3 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 ZNF444P1-201ENST00000559497 298 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 CDCP1-201ENST00000296129 6006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 AL121758.1-201ENST00000488788 2714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 NUTM2F-201ENST00000253262 2561 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 PODXL-202ENST00000378555 2105 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 C2CD4A-201ENST00000355522 3445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 CYP51A1P1-201ENST00000492267 1507 ntBASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 C6orf106-202ENST00000374023 4418 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 BSCL2-201ENST00000278893 1364 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 FAM50A-202ENST00000393600 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 COBL-201ENST00000265136 5291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 CLDN7-203ENST00000538261 1923 ntTSL 5 BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 FGFR4-207ENST00000502906 2638 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.53■□□□□ 0.56
LIG3P49916 TRIM39-201ENST00000376656 3338 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 AQP1-204ENST00000441328 2487 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 AL365232.1-201ENST00000423730 1636 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 MCF2L-203ENST00000375604 6445 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 SCAP-201ENST00000265565 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 STXBP2-202ENST00000414284 1859 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 FGD4-212ENST00000534526 2977 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 ACBD5-201ENST00000375888 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 NPTN-202ENST00000351217 2817 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 YY1AP1-210ENST00000368339 3073 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 ELFN2-208ENST00000430883 1970 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 TWIST2-202ENST00000612363 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 SEMA5B-202ENST00000357599 4792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 IGLL1-201ENST00000249053 716 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 AC093620.1-201ENST00000342963 583 ntTSL 3 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 GPX4-201ENST00000354171 919 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 HBZP1-201ENST00000354915 429 ntBASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 SYCE1L-201ENST00000378644 858 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 AP003396.3-201ENST00000530918 778 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 TICAM1-202ENST00000621756 1650 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 RSPH6A-201ENST00000221538 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 SPINT1-202ENST00000562057 2456 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 TRPC4AP-202ENST00000451813 3138 ntTSL 2 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 CXorf67-201ENST00000342995 1929 ntAPPRIS P1 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 EFEMP2-210ENST00000528176 1504 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 CNP-201ENST00000393888 2583 ntTSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.56
LIG3P49916 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 AL512380.2-201ENST00000637901 1780 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 RNF113B-201ENST00000267291 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 LRFN2-201ENST00000338305 3270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 ZNF385A-212ENST00000551109 2369 ntTSL 5 BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 KCNE3-201ENST00000310128 3143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.52■□□□□ 0.55
LIG3P49916 PCDHA1-201ENST00000378133 2726 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 EDC3-214ENST00000568176 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 SLC35G2-202ENST00000446465 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 NEIL2-204ENST00000455213 2323 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 CMIP-201ENST00000398040 2825 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 LYNX1-206ENST00000621401 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 CLN3-202ENST00000355477 1173 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 UBE2C-204ENST00000356455 850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 MADCAM1-203ENST00000382683 603 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 PCED1CP-201ENST00000419887 785 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 AC005091.1-201ENST00000441955 1190 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 VENTXP5-201ENST00000523979 775 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 MCRIP1-206ENST00000573478 1123 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 DBP-204ENST00000599385 709 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 AC091076.1-201ENST00000610741 619 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 AC079602.3-201ENST00000623931 403 ntBASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 LBX2-AS1-201ENST00000548978 1852 ntTSL 3 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 AHSA2-202ENST00000394457 6574 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 SYDE1-204ENST00000600440 3058 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 ABR-203ENST00000536794 2213 ntTSL 2 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 DISP3-202ENST00000304391 1495 ntTSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
LIG3P49916 SLC7A5-201ENST00000261622 4537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.51■□□□□ 0.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.1 ms