Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 HSFY5P-201ENST00000453726 309 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC080013.1-203ENST00000468242 720 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC080013.1-201ENST00000495318 566 ntTSL 4 BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 C1QB-203ENST00000509305 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AC091819.1-201ENST00000518330 630 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 AP000842.1-201ENST00000524467 698 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 HOTAIRM1_2.1-201ENST00000616712 215 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
MSH5O43196 CRTC3-208ENST00000560098 1421 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TNFAIP3-207ENST00000614035 1430 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CPEB2-202ENST00000345451 2013 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 EFHC1-206ENST00000635760 2030 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MAML1-201ENST00000292599 5723 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CDK5R1-201ENST00000313401 4325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 DIP2A-204ENST00000457905 3044 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TXNL4A-201ENST00000269601 3504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 KLHL24-201ENST00000242810 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CCDC154-202ENST00000409671 2561 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 DHRS12-201ENST00000218981 1970 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MTMR14-203ENST00000353332 2368 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 PJA1-201ENST00000361478 2755 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SPRYD7-204ENST00000613924 2285 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 BIRC8-201ENST00000426466 2026 ntAPPRIS P1 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SS18L2-201ENST00000011691 781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 HDDC3-201ENST00000330334 1047 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CLIC1-208ENST00000375784 1254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MED4-202ENST00000378586 931 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 WBP1LP6-201ENST00000438434 424 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TPT1P6-201ENST00000458298 514 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TCEAL4-208ENST00000472484 1273 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 PRDM2-213ENST00000503842 705 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC010226.1-202ENST00000508517 539 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 LINC01861-201ENST00000509568 537 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC092865.5-201ENST00000545435 363 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AL392023.2-201ENST00000554687 785 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC006504.5-212ENST00000587188 746 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 RABAC1-210ENST00000601891 628 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC099336.1-202ENST00000602961 463 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 OR10AE1P-201ENST00000606962 1029 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 H2BFWT-202ENST00000611083 528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC008993.2-201ENST00000631744 806 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AL031430.1-201ENST00000642067 1039 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 ADAM15-207ENST00000368413 1901 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 BACE1-204ENST00000445823 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TMEM237-213ENST00000621467 1824 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SETD3-201ENST00000329331 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 NES-201ENST00000368223 5558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SCYL2-201ENST00000360820 5779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CDK11A-203ENST00000357760 2446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CDK11A-204ENST00000358779 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 PRSS35-201ENST00000369700 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CDK11A-206ENST00000378638 2429 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CDK11A-208ENST00000404249 2449 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 GOLGA2P11-201ENST00000562660 1621 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 PRRT2-212ENST00000636619 2065 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 OSR2-201ENST00000297565 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CCDC134-201ENST00000255784 1270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AL133247.1-201ENST00000435713 646 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AL356475.1-201ENST00000440321 341 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CT45A11P-201ENST00000448043 1134 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AL354710.2-201ENST00000468244 550 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SEC1P-202ENST00000473944 940 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SH2D1A-203ENST00000477673 461 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC108729.1-201ENST00000487812 947 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC139887.2-202ENST00000507446 534 ntTSL 4 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 HAUS1P3-201ENST00000523909 662 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC116021.1-201ENST00000530049 653 ntTSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MYL12A-202ENST00000536605 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TCTN1-223ENST00000550703 2149 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MYL12A-209ENST00000580887 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 RPL27-206ENST00000589913 697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC078899.4-201ENST00000593952 1113 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC133528.1-201ENST00000608316 805 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 ZNF22-201ENST00000298299 2551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SRP9-203ENST00000366839 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 GIT1-203ENST00000394869 3711 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AP001351.1-201ENST00000501397 1865 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 NRBP1-204ENST00000379863 2174 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 RFC2-213ENST00000621097 1635 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 SLC31A2-201ENST00000259392 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 NOP9-202ENST00000396802 1942 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 POLR2C-201ENST00000219252 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 ARHGAP22-203ENST00000374172 2380 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 DSCC1-201ENST00000313655 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 TCTN1-225ENST00000551590 2309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 NBL1-210ENST00000615215 2160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 HGFAC-204ENST00000511533 2016 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 AC099786.3-201ENST00000565735 1410 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 CARHSP1-201ENST00000311052 746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MRPL43-203ENST00000318364 1010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
MSH5O43196 MRPL43-204ENST00000342071 894 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms