Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 ANHX-202ENST00000545940 3452 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GUCA2A-201ENST00000357001 569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CKS1B-202ENST00000368436 820 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3-42-201ENST00000520410 361 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AF131215.3-201ENST00000532453 639 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC051619.7-201ENST00000568314 623 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SOX2-201ENST00000325404 2513 ntAPPRIS P1 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ARHGEF28-204ENST00000437974 5792 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 NSDHL-203ENST00000440023 1630 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 EFHD2-201ENST00000375980 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SMARCC2-201ENST00000267064 4076 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ITPKB-202ENST00000366784 3146 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ICAM4-203ENST00000393717 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FOXP4-205ENST00000409208 3341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 HLA-A-204ENST00000396634 1868 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GOLGA3-203ENST00000456883 5496 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SDHA-201ENST00000264932 2390 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 DYNC1LI2-201ENST00000258198 4515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 EPN3-216ENST00000537145 2223 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SNTG2-202ENST00000407292 1436 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ENDOV-201ENST00000323854 1226 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CGB2-201ENST00000359342 627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 RAC2-204ENST00000406508 893 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ADH5P3-201ENST00000433842 1137 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GSTK1-207ENST00000479303 1185 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AL359881.2-201ENST00000602973 570 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC027097.1-202ENST00000592201 1954 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 NKIRAS2-207ENST00000449471 1461 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 DUOXA1-202ENST00000430224 1317 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 BSG-215ENST00000618006 1329 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SPAG1-206ENST00000520643 1723 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 GLS-202ENST00000338435 4475 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 VGLL4-211ENST00000430365 1377 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FMR1-206ENST00000370477 3437 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC010198.1-201ENST00000500076 1552 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 PCDHA4-201ENST00000378125 2328 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MAPK8IP1-201ENST00000241014 3050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 BSCL2-210ENST00000421906 1440 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SLC6A11-202ENST00000454147 2794 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 THOC7-201ENST00000295899 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 LGALS7B-201ENST00000314980 483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AL671277.1-201ENST00000429656 993 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 UFL1-AS1-201ENST00000430796 548 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MEIS1-AS2-201ENST00000439433 690 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE11-202ENST00000450699 704 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 STK19B-204ENST00000512515 211 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 KRT8P48-201ENST00000515599 1220 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CERNA1-201ENST00000559779 908 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE9P-201ENST00000570642 692 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AC010336.3-201ENST00000597156 667 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE10P-202ENST00000612005 668 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 SPDYE8P-202ENST00000612377 668 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 AL390754.1-201ENST00000619088 582 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CLN3-229ENST00000567963 1452 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 FBLN1-201ENST00000262722 2251 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 LRP8-204ENST00000371454 3322 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 DAG1-221ENST00000541308 5676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 TWF1-201ENST00000395510 3045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CEP78-202ENST00000376597 2618 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC9Q9Y3X0 CD1B-201ENST00000368168 1395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CBX1-201ENST00000225603 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LRWD1-201ENST00000292616 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CAMKK1-202ENST00000348335 3563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ARL5A-201ENST00000295087 5326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 LRRC1-202ENST00000370888 3180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 NKX2-1-202ENST00000498187 2338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 BPHL-203ENST00000380379 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 NPLOC4-201ENST00000331134 4415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ADAP1-216ENST00000539900 2178 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SELENOH-201ENST00000388857 833 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-202ENST00000418105 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SLC25A39P2-201ENST00000537614 270 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AL442663.3-201ENST00000554737 1000 ntTSL 3 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 AC109462.3-201ENST00000573934 613 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 ICAM2-208ENST00000579788 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 CU104787.1-201ENST00000624155 288 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC9Q9Y3X0 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27 ms