Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 ZYG11A-202ENST00000371532 3942 ntTSL 5 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 STRN4-204ENST00000539396 2608 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SLITRK4-201ENST00000338017 3357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SDF4-201ENST00000263741 2079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ARL6IP6-201ENST00000326446 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PBK-203ENST00000522944 1499 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RAI2-201ENST00000331511 2317 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TM2D2-201ENST00000397070 1631 ntTSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ZNF140-207ENST00000440550 1663 ntTSL 2 BASIC21.44■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GDF5-202ENST00000374372 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC008687.8-201ENST00000599795 1748 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 LINC00595-204ENST00000434974 2692 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ADGRL1-202ENST00000361434 5610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 HNRNPK-202ENST00000360384 2038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CAPRIN1-207ENST00000529307 2266 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CADPS2-202ENST00000334010 6045 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FOXP1-218ENST00000498215 2400 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RASGRP2-205ENST00000377489 583 ntTSL 3 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PRICKLE4-202ENST00000394260 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PRICKLE4-203ENST00000394263 1155 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TMPOP1-202ENST00000424642 1267 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AL035541.1-201ENST00000424850 823 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PVRIG2P-201ENST00000435460 978 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DFFB-212ENST00000625756 649 ntTSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SMIM29-209ENST00000636500 1186 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GAREM2-202ENST00000407684 5138 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC023824.1-201ENST00000562945 2975 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CIAO1-203ENST00000488633 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 C19orf57-208ENST00000591586 1559 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PSMD8-207ENST00000592035 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GATA4-201ENST00000335135 3414 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GPANK1-204ENST00000375900 1814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ATP6AP2-224ENST00000637327 1929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AL096828.2-201ENST00000567259 1965 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 LINC00602-201ENST00000629776 2065 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 REXO1L9P-201ENST00000604264 2108 ntBASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SPPL2C-201ENST00000329196 2238 ntAPPRIS P1 BASIC21.43■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MYBPH-201ENST00000255416 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AGXT-201ENST00000307503 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 HRAS-201ENST00000311189 894 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 NKPD1-201ENST00000317951 4233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 COQ6-201ENST00000334571 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MCRS1-202ENST00000357123 1428 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GLRX2-201ENST00000367439 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ZMYM5-203ENST00000382907 1092 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CCDC88C-203ENST00000389856 1641 ntTSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MIEN1-201ENST00000394231 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 LRRFIP2-209ENST00000440230 1989 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AP003396.1-201ENST00000501918 507 ntTSL 5 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ARSI-203ENST00000515301 1429 ntTSL 4 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC009065.1-201ENST00000564055 1225 ntBASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 BDKRB1-204ENST00000611804 1085 ntAPPRIS P1 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PCDHA13-201ENST00000289272 5260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CRAT-201ENST00000318080 2763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TCF3-212ENST00000588136 2658 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.42■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TLE2-202ENST00000426948 2406 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 GABBR1-205ENST00000377034 4527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FIBCD1-201ENST00000372337 1868 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 DNM2-202ENST00000359692 3588 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 HARS-201ENST00000307633 1780 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FAM50B-201ENST00000380272 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 CYB561-205ENST00000542042 1302 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SRRM2-AS1-203ENST00000571305 1344 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RECQL4-210ENST00000621189 3896 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC012618.3-202ENST00000440004 472 ntTSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC012213.1-202ENST00000523422 449 ntTSL 3 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AC239803.1-201ENST00000594189 1278 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 NDUFAB1-201ENST00000007516 717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 STRADA-254ENST00000640999 2336 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SLC23A3-207ENST00000455516 2048 ntTSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ABCC3-202ENST00000427699 1881 ntTSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 ZNF302-202ENST00000446502 2635 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.41■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 RHOT1-203ENST00000358365 3297 ntTSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 KLHL31-201ENST00000370905 5743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.4■■□□□ 1.02
BRPF3Q9ULD4 MAEA-202ENST00000303400 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.4 ms