Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 GCSH-209ENST00000639689 2412 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GABARAPL1-201ENST00000266458 1957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AP001922.1-201ENST00000499390 1504 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PTP4A3-201ENST00000329397 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DIABLO-204ENST00000413918 1859 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KCNMA1-261ENST00000639486 8850 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 WWTR1-201ENST00000360632 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NOL4L-205ENST00000375678 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MINK1-202ENST00000355280 4961 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 FBXO7-201ENST00000266087 2195 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 HOXA2-201ENST00000222718 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KAT2A-201ENST00000225916 3109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TRIM13-206ENST00000457662 1489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 RASA2-202ENST00000452898 2562 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NMD3-202ENST00000460469 3061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 HES7-201ENST00000317814 678 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PARK7-201ENST00000338639 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SFTPD-201ENST00000372292 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TBC1D7-205ENST00000379307 1084 ntTSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PLEKHG6-203ENST00000396988 2963 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 YBX1P2-201ENST00000489612 999 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC112698.1-201ENST00000510299 916 ntBASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PPOX-214ENST00000535223 664 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC064853.5-201ENST00000641976 258 ntAPPRIS P1 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ADGRG2-202ENST00000354791 4494 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ZBTB10-202ENST00000426744 9878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TEX261-201ENST00000272438 3441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TAOK2-202ENST00000308893 5169 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 RAB23-202ENST00000468148 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PRKAR1B-204ENST00000406797 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TTC8-202ENST00000345383 2329 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 EIF5A-204ENST00000416016 1336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DHRS11-210ENST00000611337 1341 ntTSL 5 BASIC17.7■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ACP2-206ENST00000529444 1719 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PTCHD3-202ENST00000622555 1720 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 FFAR2-202ENST00000599180 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ELOA3-201ENST00000330682 1877 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 IFIH1-202ENST00000421365 1617 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-209ENST00000581774 1368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 HNRNPM-217ENST00000620401 2458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TMEM190-201ENST00000291934 593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NDUFA1-201ENST00000371437 766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 COMTD1-201ENST00000372538 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 YPEL3-201ENST00000398838 935 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MUC1-211ENST00000438413 927 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TMA7-201ENST00000438607 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AL365295.1-202ENST00000456100 562 ntTSL 4 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC092597.1-201ENST00000487352 616 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC092118.1-202ENST00000568697 718 ntTSL 3 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 UQCR11-201ENST00000585671 753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 IRF3-222ENST00000599144 1117 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC139887.4-201ENST00000607877 719 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC012306.2-201ENST00000609350 630 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SLF2-205ENST00000609386 891 ntAPPRIS ALT2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CLN3-259ENST00000637551 1083 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC097493.4-201ENST00000641197 219 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CLEC18B-206ENST00000620745 1847 ntTSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 POMC-204ENST00000405623 1426 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CRADD-202ENST00000542893 1403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NLRP6-203ENST00000534750 2936 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ADO-201ENST00000373783 3627 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CAMK2B-203ENST00000347193 1577 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LINC00311-201ENST00000366314 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SLC5A10-204ENST00000395647 2140 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DHCR7-201ENST00000355527 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 RHOV-201ENST00000220507 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 SNX17-210ENST00000537606 2400 ntTSL 2 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 NAT9-201ENST00000357814 1875 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 DDX28-201ENST00000332395 2169 ntAPPRIS P1 BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LINC00937-205ENST00000538304 2157 ntTSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ZGLP1-202ENST00000403903 2303 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.69■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 KCNQ1-201ENST00000155840 3245 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AGPAT2-201ENST00000371694 1391 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MIOX-202ENST00000395732 1658 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 LRPPRC-203ENST00000409946 1848 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 FTSJ1-201ENST00000019019 1986 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MAGI3-203ENST00000369615 6508 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 MRPL52-201ENST00000311892 1042 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 HOPX-201ENST00000317745 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 FGF8-201ENST00000320185 799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 GSTO2-201ENST00000338595 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 IGHGP-201ENST00000390555 1178 ntBASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 TMEM243-203ENST00000433078 1273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.68■□□□□ 0.42
VPS39Q96JC1 AC099669.1-201ENST00000457331 456 ntTSL 3 BASIC17.68■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.2 ms