Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 LONRF1-208ENST00000533751 3043 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SIRPAP1-201ENST00000448467 1770 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CDCP2-202ENST00000530059 1623 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CCNJ-203ENST00000465148 2677 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SH2D2A-201ENST00000368198 1599 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PMPCAP1-201ENST00000508114 1576 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SKOR1-204ENST00000554240 3597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MID1IP1-201ENST00000336949 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MACF1-233ENST00000602421 1423 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SAMD11-212ENST00000617307 2314 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SPIRE2-201ENST00000378247 3235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ACADVL-205ENST00000543245 2227 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC020922.1-201ENST00000591954 3058 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 WNT5B-201ENST00000310594 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PCBP3-205ENST00000400310 2168 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ATPIF1-201ENST00000335514 494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZAR1L-201ENST00000345108 1103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ESR1-204ENST00000406599 1251 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PON3-205ENST00000451904 1053 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TCTN1-208ENST00000471804 718 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC122714.2-201ENST00000502787 707 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC091133.2-201ENST00000505903 428 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 IDUA-210ENST00000514224 2130 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC069287.3-201ENST00000527297 589 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC105339.3-201ENST00000560043 636 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC133919.2-201ENST00000565965 589 ntTSL 4 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC012645.3-201ENST00000568506 470 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FUT6-212ENST00000592563 1095 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NEIL2-202ENST00000403422 2016 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DAG1-222ENST00000545947 5829 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RASA4B-201ENST00000306682 2589 ntTSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GPC2-201ENST00000292377 2532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 WDR59-202ENST00000536050 1752 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NSUN5-201ENST00000252594 1672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC17.07■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DMAP1-201ENST00000315913 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 COL16A1-203ENST00000373672 5736 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AP002414.3-201ENST00000589352 1468 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 LONP1-201ENST00000360614 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NOMO2-201ENST00000330537 4352 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 UBP1-202ENST00000283629 4148 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NOTCH2NL-201ENST00000362074 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SLC39A3-202ENST00000455372 2940 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FOXP3-201ENST00000376197 1326 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 EGFL6-202ENST00000380602 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC138028.4-201ENST00000564984 1845 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC005865.2-201ENST00000505276 2303 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CTSG-201ENST00000216336 886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DNAH14-205ENST00000366850 1103 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 C6orf48-203ENST00000375638 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 C6orf48-207ENST00000375642 962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 GNB2-207ENST00000427895 1146 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RMDN1-202ENST00000430676 1106 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NKTR-203ENST00000442970 646 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FAM172A-207ENST00000509739 1031 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ADA-207ENST00000537820 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CD63-204ENST00000546939 779 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 BORCS8-206ENST00000585679 801 ntTSL 3 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NUTM2B-AS1-211ENST00000601369 1233 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC107918.4-202ENST00000641623 219 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SSC5D-201ENST00000389623 4845 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MON1B-202ENST00000439557 1759 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 CHRFAM7A-202ENST00000397827 2794 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 TDRKH-207ENST00000458431 2768 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FAM222A-202ENST00000538780 3294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 NOC2LP1-202ENST00000452600 2235 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DOC2B-203ENST00000613549 6048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SWSAP1-201ENST00000312423 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ANKRD17-211ENST00000639793 3486 ntTSL 5 BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 SCRIB-201ENST00000320476 5143 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 KRT6A-201ENST00000330722 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PKN1-201ENST00000242783 3069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MOV10L1-203ENST00000395852 1422 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MCF2L-208ENST00000397030 6580 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MB21D2-201ENST00000392452 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DOK7-201ENST00000340083 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 DOK7-203ENST00000507039 2551 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZNF296-201ENST00000303809 1744 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 MECP2-205ENST00000453960 1729 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 PCCA-202ENST00000376285 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 C2orf27B-201ENST00000623129 1325 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 ZMYND11-214ENST00000509513 2065 ntTSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
USP53Q70EK8 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 139.9 ms