Protein–RNA interactions for Protein: P09016

HOXD4, Homeobox protein Hox-D4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD4P09016 BAIAP2L2-202ENST00000381669 2146 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 OBSL1-203ENST00000373876 5503 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CCNL2-201ENST00000400809 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CARD9-202ENST00000371734 1814 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TSEN34-202ENST00000396383 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC126755.2-202ENST00000427999 1547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ADGRG2-209ENST00000379876 4779 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 METTL21C-201ENST00000267273 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TFF3-201ENST00000291525 407 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 GNMT-201ENST00000372808 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 DRAP1-202ENST00000376991 819 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 RPP21-221ENST00000428040 594 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ZNF655-215ENST00000440391 1198 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 RPP21-224ENST00000442966 525 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TTLL12-204ENST00000494035 888 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SMN1-203ENST00000503079 1219 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 LINGO1-AS2-201ENST00000557799 663 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC092725.1-201ENST00000565783 499 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MTDHP3-201ENST00000594186 672 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 LINC01197-204ENST00000611265 956 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC139530.3-201ENST00000620344 690 ntBASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MMD2-202ENST00000404774 2415 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SERPINE2-206ENST00000447280 1716 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MYH7B-201ENST00000262873 6293 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ARHGAP8-201ENST00000336963 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CTBP2-214ENST00000531469 1918 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 GDF5-201ENST00000374369 2383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 RARA-206ENST00000425707 3041 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PDLIM7-202ENST00000355841 1689 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 DOK4-201ENST00000340099 2772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AP003717.1-202ENST00000537019 1412 ntTSL 5 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PDLIM4-201ENST00000253754 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SYBU-232ENST00000533171 2498 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TRIM27-201ENST00000377194 2686 ntTSL 1 (best) BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PRELID3A-209ENST00000592149 2001 ntTSL 2 BASIC16.01■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SYNE4-201ENST00000324444 1354 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ACVRL1-202ENST00000419526 1356 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 DDX42-216ENST00000583590 4148 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ZAP70-201ENST00000264972 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SHISA3-201ENST00000319234 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SIKE1-201ENST00000060969 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PARP16-202ENST00000444347 2352 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CCDC92-201ENST00000238156 2787 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TBC1D3P5-201ENST00000579401 1545 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 WWOX-203ENST00000406884 1701 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TBC1D2-202ENST00000375063 2100 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CICP6-201ENST00000457191 2729 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 QKI-203ENST00000361752 9463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 FRS3-201ENST00000259748 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ATP1B1-201ENST00000367815 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC138430.1-201ENST00000586064 5409 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 COQ9-210ENST00000567072 1482 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SMOX-204ENST00000346595 982 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MRPS18A-201ENST00000372116 785 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 KRT18P13-201ENST00000400056 1290 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MCFD2-208ENST00000409973 821 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AL031284.1-201ENST00000419297 478 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MMP24-AS1-201ENST00000424358 867 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ABCD1P5-201ENST00000445663 754 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TSPAN4-214ENST00000525201 834 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC243965.1-201ENST00000557595 781 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 LITAF-209ENST00000571688 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MAPKAP1-208ENST00000394063 2977 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 RBM17-201ENST00000379888 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CXorf40B-205ENST00000462691 1440 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CYP2U1-202ENST00000508453 3125 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AL499627.1-201ENST00000569373 2188 ntBASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AP5S1-201ENST00000246041 1960 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 EMC8-201ENST00000253457 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TNXB-204ENST00000479795 2742 ntTSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PGAP3-203ENST00000378011 2533 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 GSDMD-201ENST00000262580 1762 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 GGT5-201ENST00000263112 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 HSD11B1L-223ENST00000616276 1580 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 HSPA1A-201ENST00000375651 2483 ntAPPRIS P1 BASIC16■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 HYAL1-204ENST00000395144 2081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ARSE-201ENST00000381134 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MTMR12-201ENST00000264934 2215 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AC022898.2-201ENST00000616822 1312 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MAPK8IP3-202ENST00000356010 4456 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 STX17-205ENST00000525640 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 SH3BP5-206ENST00000426925 2190 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 INO80E-201ENST00000304516 1489 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 AL596257.1-201ENST00000641463 2694 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 BSG-201ENST00000333511 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 PLD3-205ENST00000409419 1966 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TRIM8-201ENST00000302424 2831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 MED16-201ENST00000269814 1199 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 ZNF7-201ENST00000325217 592 ntTSL 4 BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 FGF8-203ENST00000346714 694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 TM4SF19-TCTEX1D2-201ENST00000442633 964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
HOXD4P09016 KRBOX1-AS1-201ENST00000447834 2134 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.3 ms