Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 AL079301.1-201ENST00000424580 1633 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 HGNC:18790-211ENST00000621129 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 USP21-203ENST00000368002 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL161938.1-201ENST00000569833 2180 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 KBTBD2-201ENST00000304056 3745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 YIPF2-204ENST00000586748 1550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 RPS27A-201ENST00000272317 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC003669.1-201ENST00000334569 611 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2-202ENST00000334808 2130 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SZT2-202ENST00000372450 1191 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SERF1A-207ENST00000512649 846 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 OR10S1-201ENST00000531945 1121 ntAPPRIS P2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CYB561-216ENST00000582297 897 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL590235.2-202ENST00000602543 594 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ARFRP1-208ENST00000612256 2974 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 OR10S1-202ENST00000641123 1121 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 P2RX5-203ENST00000547178 1998 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ST3GAL3-204ENST00000335430 1805 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LYPD5-203ENST00000594013 1519 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FUT8-AS1-201ENST00000621019 1521 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 PPFIA1-202ENST00000389547 4133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 YAP1-211ENST00000629586 1365 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SMAD7-201ENST00000262158 3087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CAV2-201ENST00000222693 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 NRP2-206ENST00000417189 2386 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 NKX6-1-201ENST00000295886 2628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL049757.1-201ENST00000616842 1596 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ZDHHC20-IT1-201ENST00000417513 440 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 UGT1A2P-201ENST00000454886 866 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 GATB-205ENST00000508611 605 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 STMN4-207ENST00000523048 1224 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FKBP4-208ENST00000630279 156 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPH1-250ENST00000630639 123 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 UBTF-203ENST00000393606 2683 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ACBD4-204ENST00000431281 2026 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BRAF-201ENST00000288602 2480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC097637.2-201ENST00000624096 1997 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 KHNYN-206ENST00000556842 2443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CCT5-205ENST00000506600 1939 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CDH5-204ENST00000563425 1932 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 MFSD11-219ENST00000593181 1922 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 EHMT1-204ENST00000462484 2707 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 GPER1-204ENST00000401670 1542 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BRPF3-202ENST00000357641 6052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ECE1-205ENST00000436918 2328 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 RPS9-203ENST00000391752 772 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BLCAP-202ENST00000397131 633 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BLCAP-203ENST00000397134 566 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 HLA-V-201ENST00000429037 534 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FAM72B-205ENST00000471903 676 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AC015712.4-202ENST00000558641 1007 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 IGHV3OR16-6-201ENST00000568775 360 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 KLK6-204ENST00000594641 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 DLG3-202ENST00000374355 5074 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 EPB41L4B-201ENST00000374557 4006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SRPX-202ENST00000432886 1725 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 FAM217A-201ENST00000274673 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CHGA-202ENST00000334654 1474 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 MFSD1-219ENST00000622669 2361 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 VBP1-201ENST00000286428 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 TMEM37-201ENST00000306406 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CEACAM16-202ENST00000587331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 TMEM132A-202ENST00000453848 3346 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 ATP6V0E1-203ENST00000519374 1433 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CLEC10A-204ENST00000571664 1442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 DPM2-201ENST00000314392 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 WNT7B-202ENST00000409496 2285 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 CCDC7-203ENST00000362006 2133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LINC00404-201ENST00000418660 428 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 PRKAG2-AS1-202ENST00000467458 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 LRRC23-215ENST00000622489 1061 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL732314.4-201ENST00000627627 515 ntTSL 4 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC35E1-208ENST00000595753 5099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 MLLT1-201ENST00000252674 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-202ENST00000392109 1583 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BCS1L-204ENST00000392111 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 UNC5C-202ENST00000504962 1789 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AP001476.1-201ENST00000451618 2198 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 BIN2-210ENST00000615107 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 EPHA10-202ENST00000373048 5425 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 KLHDC10-201ENST00000335420 6437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AL445238.1-203ENST00000606050 1525 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
CCDC9Q9Y3X0 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.7 ms