Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 USP2-202ENST00000455332 2903 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 KDM4B-201ENST00000159111 5593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TNK2-AS1-201ENST00000458180 2096 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 METTL21A-203ENST00000411432 4805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RNPS1-205ENST00000561718 1806 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SNTB1-201ENST00000395601 5164 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RRAGD-202ENST00000369415 4900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MYH14-202ENST00000376970 6787 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 WNK2-201ENST00000297954 7138 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 GNGT2-201ENST00000300406 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TERF1P1-201ENST00000311003 1181 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 HPF1-201ENST00000393381 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 BX664615.1-201ENST00000443558 458 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TMEM9B-AS1-201ENST00000525484 1053 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CD81-212ENST00000526072 1172 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC004076.1-201ENST00000596831 664 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PRLHR-202ENST00000636925 1275 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CAB39-202ENST00000409788 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CHTF8-203ENST00000448552 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DOC2A-209ENST00000564979 1630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 WDR18-202ENST00000585809 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ADCY9-201ENST00000294016 7725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ST3GAL3-205ENST00000347631 1324 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ARFRP1-207ENST00000612157 1698 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SLC29A2-202ENST00000357440 2514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ADAM11-203ENST00000535346 2529 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PCDHB19P-201ENST00000570871 2371 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 THAP3-203ENST00000377627 2053 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 BPGM-202ENST00000393132 2051 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 NPFFR2-201ENST00000308744 1922 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CLEC18C-201ENST00000314151 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ITGB2-AS1-202ENST00000441379 2282 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CLEC18A-208ENST00000568461 1934 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 C10orf10-201ENST00000298295 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RAB29-205ENST00000446390 1441 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RBBP7-203ENST00000380087 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 NDUFAF2-201ENST00000296597 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FIS1-207ENST00000474120 915 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 KRT13-201ENST00000246635 1699 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TIMM8A-201ENST00000372902 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 KCNN2-208ENST00000631899 2098 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FKBP3-202ENST00000396062 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RAVER2-202ENST00000371072 4362 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CPZ-203ENST00000382480 2538 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ZDHHC20-201ENST00000320220 1351 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LPAR2-201ENST00000407877 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 YTHDF3-212ENST00000621413 2370 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PHYKPL-201ENST00000308158 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 UNC5CL-202ENST00000373164 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 YKT6-201ENST00000223369 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CREB3L1-206ENST00000621158 2687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LAT2-204ENST00000398475 2453 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC004951.4-201ENST00000454572 2076 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 RNPS1-219ENST00000566397 1685 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 KLC1-202ENST00000334553 2524 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 MATN3-201ENST00000407540 2524 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ZFC3H1-211ENST00000552037 1484 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ARHGAP9-204ENST00000430041 2323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 UMOD-205ENST00000570689 2315 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 C20orf166-AS1-202ENST00000436101 761 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CNTD2-203ENST00000513948 787 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC009185.1-201ENST00000517634 911 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AQP4-AS1-204ENST00000582605 525 ntTSL 4 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC034238.1-212ENST00000596137 723 ntTSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DEDD2-209ENST00000598727 1037 ntTSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CLDND2-203ENST00000601435 575 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 AC026954.2-202ENST00000575474 2571 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 THUMPD2-204ENST00000505747 1970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 C2orf50-201ENST00000381585 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 YAP1-209ENST00000537274 5350 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CHAT-201ENST00000337653 2458 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 HCLS1-202ENST00000428394 1560 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 TMED3-203ENST00000536821 2265 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PSTPIP1-201ENST00000379595 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 UBE2E1-202ENST00000346855 1398 ntTSL 3 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 DNM3-203ENST00000367733 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 INPP5J-213ENST00000620191 2306 ntTSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.87
CCDC39Q9UFE4 CCDC63-202ENST00000545036 1887 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ZBTB4-202ENST00000380599 5866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.45■□□□□ 0.86
CCDC39Q9UFE4 RNF19A-201ENST00000341084 4285 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.45■□□□□ 0.86
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.5 ms