Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DGUOK-208ENST00000629438 1029 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KIAA0895-208ENST00000440378 2441 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 NKX2-2-201ENST00000377142 2092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ABHD14B-206ENST00000483233 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SIGIRR-203ENST00000431843 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LTV1-201ENST00000367576 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GPANK1-201ENST00000375893 1598 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DIXDC1-208ENST00000615255 4825 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SEPT9-236ENST00000591088 1691 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 EMILIN3-201ENST00000332312 3796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PRX-202ENST00000324001 4855 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PTGES2-214ENST00000617202 1344 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PABPC1L-201ENST00000217073 1851 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TMEM175-201ENST00000264771 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ERO1A-201ENST00000395686 5285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MON2-203ENST00000546600 6130 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PEG3-206ENST00000598410 5304 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PPP1R3G-201ENST00000405617 4907 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PRAG1-201ENST00000615670 4903 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KDM5C-202ENST00000375379 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 STARP1-201ENST00000397973 869 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 IMP3-202ENST00000403490 1237 ntAPPRIS P1 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TSNARE1-204ENST00000519651 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 NEK7-207ENST00000538004 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CALM3-208ENST00000596362 1203 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC009154.2-201ENST00000621177 724 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC092902.2-222ENST00000626312 568 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC133561.5-201ENST00000635547 218 ntBASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DHRS4L2-203ENST00000534993 1450 ntTSL 3 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SLK-202ENST00000369755 7766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ARPC1B-201ENST00000252725 1551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RAB1A-204ENST00000409892 2254 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TNIP1-208ENST00000520931 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LY6E-203ENST00000517503 1335 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CCDC115-201ENST00000259229 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 HSPB9-201ENST00000565659 1922 ntAPPRIS P1 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ZNF211-201ENST00000240731 2440 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 KCNJ2-AS1-201ENST00000590966 2442 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 BNIP2-213ENST00000612191 2515 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DDIT4L-201ENST00000273990 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RIF1-204ENST00000430328 7992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 BBS5-202ENST00000392663 3107 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GALNT17-201ENST00000333538 3884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TRAM1-205ENST00000521425 3394 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 OSBP2-202ENST00000401475 2468 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LMNA-205ENST00000368299 2253 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MCF2L-207ENST00000397024 490 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC113347.1-201ENST00000413321 391 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LY6L-201ENST00000562505 988 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 UBA52-210ENST00000598780 668 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GXYLT1P4-201ENST00000613576 1192 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RNH1-205ENST00000397615 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 GPBAR1-204ENST00000522678 2003 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 N4BP2L1-210ENST00000613078 2032 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ARHGEF40-201ENST00000298694 5919 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TRIM36-202ENST00000379617 1322 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC105001.2-201ENST00000554914 1753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 IGSF8-201ENST00000314485 2343 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TMED3-201ENST00000299705 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 MAN2A2-216ENST00000559717 6704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 RTL8B-201ENST00000391440 2026 ntAPPRIS P1 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ZMYM5-202ENST00000382905 1382 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TPR-209ENST00000613151 2478 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 CD7-201ENST00000312648 1281 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DDT-202ENST00000398344 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DDT-203ENST00000403754 569 ntTSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PAX3-208ENST00000409828 1254 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 TSPY12P-201ENST00000421279 868 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DDT-206ENST00000430101 573 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 HELT-202ENST00000505610 846 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 APBB3-216ENST00000511201 1014 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 NDUFS3-213ENST00000534716 1263 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 DYNLL1-205ENST00000548342 662 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 LITAF-220ENST00000620789 692 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 ILKAP-212ENST00000622223 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC011558.1-201ENST00000623459 338 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SEC22C-202ENST00000273156 1608 ntTSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 BFSP1-205ENST00000536626 2075 ntTSL 2 BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SLC2A6-202ENST00000371899 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
VPS39Q96JC1 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 55.9 ms