Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ETNK2-202ENST00000367201 2431 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SCRN2-202ENST00000407215 1779 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NFATC1-210ENST00000587635 2195 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 BCAR1-201ENST00000162330 3221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SMCHD1-201ENST00000320876 8821 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CRTC1-201ENST00000321949 2501 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ADIPOR1-202ENST00000367254 1116 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ODF3B-202ENST00000401779 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ODF3B-203ENST00000403326 643 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 KIRREL3-AS3-201ENST00000404882 831 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ODF3B-205ENST00000428989 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MOBP-208ENST00000441980 830 ntAPPRIS P4 TSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC008610.1-201ENST00000504573 393 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC139887.3-201ENST00000568585 713 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TMEM220-AS1-202ENST00000580899 561 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AL162497.1-201ENST00000615635 518 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC148477.8-201ENST00000624298 468 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC010460.3-201ENST00000511359 1579 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TBC1D10C-209ENST00000542590 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CELF6-204ENST00000543764 1676 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CSAD-209ENST00000453446 1774 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TCEA1-208ENST00000521604 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZNF133-210ENST00000535822 2341 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 STIM2-212ENST00000639640 2241 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CLPB-212ENST00000543042 2133 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PML-205ENST00000395132 1738 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TAPT1-201ENST00000405303 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 C16orf89-202ENST00000472572 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DNAJB2-201ENST00000336576 3176 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SQSTM1-202ENST00000389805 2986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ZNF211-203ENST00000299871 2577 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PPAN-P2RY11-201ENST00000393796 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GPAT2P1-202ENST00000471661 1569 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MAPT-210ENST00000535772 5718 ntTSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NANS-201ENST00000210444 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DHDH-201ENST00000221403 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RPL36-201ENST00000347512 707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MED22-202ENST00000371999 987 ntTSL 3 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 COLEC11-207ENST00000404205 1062 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC096633.1-201ENST00000422446 749 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TSTD3-201ENST00000452647 962 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC008429.1-203ENST00000518894 548 ntTSL 4 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MOK-208ENST00000519058 917 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HOTTIP_1.1-201ENST00000620415 57 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC055717.3-201ENST00000622967 595 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MSC-201ENST00000325509 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC099398.1-201ENST00000567919 2776 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SIRT1-201ENST00000212015 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FDXR-205ENST00000544854 1827 ntTSL 2 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PSRC1-201ENST00000369903 1710 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PSRC1-206ENST00000409267 1730 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SYTL3-201ENST00000297239 2292 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PDZD3-202ENST00000355547 2252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HGFAC-201ENST00000382774 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NBEA-208ENST00000629018 10791 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC008764.6-201ENST00000595909 2069 ntBASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 KMT2E-207ENST00000476671 2523 ntTSL 1 (best) BASIC15.17■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 B3GNT3-202ENST00000595387 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 VRK3-225ENST00000601912 1668 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 KCNC2-203ENST00000393288 2485 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GAB3-203ENST00000424127 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 IGF2-207ENST00000434045 1583 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CLK2-202ENST00000361168 1934 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FAM50B-202ENST00000380274 1932 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CLASRP-203ENST00000391953 1941 ntTSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 UBE2K-201ENST00000261427 5245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AGFG2-201ENST00000300176 4796 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 GAB1-201ENST00000262994 2648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MAIP1-202ENST00000392290 1386 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TJP3-201ENST00000539908 2897 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 ISCA2-201ENST00000298818 851 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 S100A16-204ENST00000368706 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PACRGL-218ENST00000507634 1142 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CFL1-212ENST00000531413 636 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 RLN3-202ENST00000585987 541 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AC016590.1-204ENST00000586442 813 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 C19orf25-210ENST00000591027 574 ntTSL 4 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 LIN28B-AS1-205ENST00000637414 879 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CYP7B1-201ENST00000310193 2202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SPATS2L-218ENST00000451764 2250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SEMA6B-201ENST00000586582 3986 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 CAMK1D-201ENST00000378845 1578 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NOMO1-201ENST00000287667 4355 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 SBF2-AS1-201ENST00000498905 2709 ntTSL 5 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PDE4D-204ENST00000358923 2969 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 HPDL-201ENST00000334815 1629 ntAPPRIS P1 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 DKK1-201ENST00000373970 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 TCEAL4-201ENST00000372629 1511 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 FKBP10-201ENST00000321562 2662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 PRMT2-201ENST00000291705 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 MEG3-211ENST00000452514 461 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
CHD3Q12873 AP001453.1-201ENST00000534988 923 ntTSL 3 BASIC15.16■□□□□ 0.02
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