Protein–RNA interactions for Protein: P31274

HOXC9, Homeobox protein Hox-C9, humanhuman

Predictions only

Length 260 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC9P31274 SLCO4A1-AS1-202ENST00000433126 1420 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 GABRB1-201ENST00000295454 2143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CCDC34-202ENST00000328697 2103 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RNF38-202ENST00000350199 5104 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CTSD-212ENST00000637815 2003 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ADAMTS9-202ENST00000459780 2871 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PRSS53-201ENST00000280606 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MADD-208ENST00000405573 1823 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 LINC00315-201ENST00000441947 2323 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PSAP-205ENST00000610929 1969 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC254562.1-201ENST00000417586 456 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC006042.2-201ENST00000428660 568 ntTSL 4 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 C17orf49-203ENST00000546760 764 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 BLOC1S1-201ENST00000547076 837 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC018558.2-201ENST00000566562 480 ntTSL 3 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PYCR1-207ENST00000577756 1144 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC007192.2-201ENST00000600364 463 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 GGTLC5P-201ENST00000617623 998 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RBFOX1-207ENST00000547338 1513 ntTSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 HTR1A-201ENST00000323865 1778 ntAPPRIS P1 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC013275.1-201ENST00000413602 2019 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 FAM19A4-201ENST00000295569 2292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ELL2P1-201ENST00000413990 1906 ntBASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 SLC39A7-201ENST00000374675 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 SLC27A2-202ENST00000380902 2181 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RPS6KA1-203ENST00000374166 3131 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 C16orf59-204ENST00000563531 1864 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 TREX2-201ENST00000330912 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MYO19-225ENST00000621344 1640 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CYP4F2-201ENST00000011989 2067 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ATP6V0CP3-201ENST00000417255 467 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ARPC4-203ENST00000433034 926 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC093714.2-201ENST00000489626 763 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 STXBP2-222ENST00000612033 1188 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RBM14-202ENST00000393979 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 FNBP1-201ENST00000355681 1977 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 BICRA-204ENST00000614245 5697 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PCMTD1-206ENST00000521344 1712 ntTSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AL590787.1-201ENST00000568856 1315 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 NEUROD2-201ENST00000302584 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ZBTB8A-201ENST00000316459 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 DUS1L-201ENST00000306796 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 NRSN2-202ENST00000382291 2088 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PLK1-201ENST00000300093 2227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AGPAT5-201ENST00000285518 3685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ECE2-201ENST00000324557 1823 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ACTN4-202ENST00000390009 2102 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 BANP-202ENST00000355022 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ACTG1P4-201ENST00000425123 1122 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 DAPK2-202ENST00000457488 1741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AL031432.2-201ENST00000566714 459 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AL928711.1-201ENST00000570165 459 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ACVR1B-203ENST00000426655 1782 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 BCAR1-209ENST00000546196 1340 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 TTC22-201ENST00000371274 2149 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RHOT1-202ENST00000354266 2919 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 INVS-203ENST00000374921 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 UBE2I-203ENST00000397514 2976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CARHSP1-219ENST00000618335 2972 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 EOMES-202ENST00000449599 2829 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 WIPF1-206ENST00000409891 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MFSD13A-202ENST00000369931 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 SNHG9-202ENST00000564014 471 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RPS15-207ENST00000591032 550 ntTSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MRPL34-205ENST00000600434 793 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ZEB1-AS1-206ENST00000606250 573 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 PTTG1IP-204ENST00000445724 2497 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AP003774.1-201ENST00000316124 2340 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 RNH1-204ENST00000397614 1864 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 FLJ13224-201ENST00000313737 1514 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 ANKS3-202ENST00000446014 2265 ntTSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 C22orf39-201ENST00000333059 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 KLK14-202ENST00000391802 1133 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 SGO2-202ENST00000409203 1041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AKIRIN1-203ENST00000446189 1243 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 AKR1A1-204ENST00000471651 1018 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
HOXC9P31274 MAGIX-204ENST00000614074 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.4 ms