Protein–RNA interactions for Protein: P27658

COL8A1, Collagen alpha-1(VIII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 744 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL8A1P27658 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ICOSLG-201ENST00000344330 1009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NEK7-201ENST00000367383 586 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 XAGE1A-203ENST00000375602 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 XAGE1B-203ENST00000375616 614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PRUNE2-202ENST00000376713 1069 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AL732437.1-201ENST00000442008 595 ntTSL 4 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 LINC01812-201ENST00000457448 725 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC074386.1-202ENST00000463561 864 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RPS15P9-201ENST00000494093 319 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MRPL36-204ENST00000508987 686 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 IGHV3-65-201ENST00000523210 341 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CD63-210ENST00000550776 870 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC005944.1-201ENST00000592758 564 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC005391.1-201ENST00000613285 341 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AL589182.2-201ENST00000619332 1049 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MID2-201ENST00000262843 2876 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 EEF1A2-201ENST00000217182 2006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FAM57A-201ENST00000301324 2013 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ZIC1-201ENST00000282928 5241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AGAP5-203ENST00000581191 2779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MOK-201ENST00000361847 1940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TMEM151A-201ENST00000327259 2562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 COL27A1-201ENST00000356083 7790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CNTNAP3-204ENST00000377656 4986 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CDKN2C-201ENST00000262662 2904 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 P3H4-202ENST00000393928 2601 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC105285.1-202ENST00000499322 1866 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 S1PR5-201ENST00000333430 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TNFSF9-201ENST00000245817 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ADAP1-217ENST00000611167 2118 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SNX17-201ENST00000233575 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 KCTD18-201ENST00000359878 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ITGBL1-202ENST00000376180 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TBX18-202ENST00000369663 6245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FAM129C-205ENST00000595684 2265 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SKOR2-202ENST00000425639 3899 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SIX5-201ENST00000317578 3318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PLBD2-201ENST00000280800 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AP3S1-201ENST00000316788 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 LYSMD4-210ENST00000545021 2431 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 THAP7-202ENST00000399133 1144 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 YAE1D1-202ENST00000432096 968 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TSPY16P-201ENST00000449843 468 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC023141.5-201ENST00000458585 616 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TMEM106C-214ENST00000550161 976 ntTSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 H3F3B-208ENST00000589599 576 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CITED2-204ENST00000618718 901 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PRR23B-201ENST00000329447 1896 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ENTPD6-201ENST00000354989 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FBLN1-204ENST00000402984 2355 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NPNT-214ENST00000514622 2362 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NETO1-207ENST00000583169 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 C2orf54-201ENST00000307486 2017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CD82-201ENST00000227155 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TRPV3-209ENST00000576742 2766 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 TMEM79-201ENST00000295694 2191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 NOMO3-202ENST00000399336 4356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AL355315.1-201ENST00000370649 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 PC-214ENST00000628663 1470 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CAPN1-226ENST00000533820 3083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 FBLN7-205ENST00000409903 1989 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MARC2-202ENST00000366913 2134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 WIPI2-203ENST00000401525 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 COA5-201ENST00000328709 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 ACTL6B-201ENST00000160382 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 RBM43-202ENST00000409092 579 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AL807752.4-201ENST00000439076 580 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC022494.1-201ENST00000466044 728 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 KRT18P41-201ENST00000518924 1277 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 VASH1-204ENST00000554743 1096 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MIR22HG-204ENST00000571595 767 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC011498.3-201ENST00000590159 569 ntTSL 4 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC008667.4-201ENST00000607370 168 ntBASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 CECR7-204ENST00000609932 568 ntTSL 2 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 SNHG28-203ENST00000621242 708 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 UGGT2-213ENST00000638479 1010 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 C19orf25-202ENST00000436106 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 AC107959.1-202ENST00000502083 1945 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DIO1-201ENST00000322679 1658 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 STARD10-213ENST00000538536 1678 ntTSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 DIO1-217ENST00000617230 1656 ntTSL 5 BASIC15.4■□□□□ 0.06
COL8A1P27658 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.4■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.3 ms